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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 玉米引物的退货温度怎样查找？
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卫小誊

铁虫 (初入文坛)

[求助] 玉米引物的退货温度怎样查找？ 已有1人参与

老师给了一组玉米SSR引物，但是我在NCBI和http://www.maizegdb.org/上均找不到对应的退火温度。。。以前自己做得是小麦，引物退火温度挺好找的，这个一下子换做玉米就。。。求各位大神帮帮忙吧。。。小女子再此多多感谢了。。。
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1楼 2016-04-01 16:46:00
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卫小誊

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aquamarineqp at 2016-04-02 09:20:43
1.有些PCR仪可以在不同的样品通道上设不同的退火温度，你可以每隔一个通道降0.2-0.5度设一个退火温度的梯度，哪个温度效果最好就用哪个
2.没有这样的PCR仪就多做几个对比试一下。
3.用你的引物在BLAST里查一下相应 ...

额，那分别知道上下引物的退火温度能推测整个引物的退火温度吗？
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3楼2016-04-02 11:15:34
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.有些PCR仪可以在不同的样品通道上设不同的退火温度，你可以每隔一个通道降0.2-0.5度设一个退火温度的梯度，哪个温度效果最好就用哪个
2.没有这样的PCR仪就多做几个对比试一下。
3.用你的引物在BLAST里查一下相应的扩增序列统计一下GC含量，然后推算一下，在算出来的退火温度上下1度试一下。
总之是要靠不断的试验来优化条件的。
赞一下 回复此楼
要学会生物统计
2楼2016-04-02 09:20:43
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