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prthefu

木虫 (著名写手)

[求助] 从转录组得到的一段基因方向是·····还有,怎样判断得到的基因是否是全长 已有1人参与

新手,想问一些幼稚的问题,
1. 从转录组中得到一段基因序列,这段序列的方向是从5'---3'还是3‘---5’啊?
2. 转录组测序,得到的那些基因序列是mRNA吗?
3. 得到的一段基因序列,如何判断是否为全长?
4. 得到的那一段基因在ORF finder中发现翻译氨基酸的是它对应的反向互补序列,那,在扩增的时候是不是要按照反向互补序列来设计引物啊?
5. 反向互补序列翻译氨基酸的时候,开头是起始密码子,但是在后面找不到终止密码子,这是不是说明ORF不完整,基因也不是全长啊?
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dsrocean

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1,我觉得,基因的方向是指位于基因组的哪条链上,只要知道基因序列比对一下基因组即可。
2.广义的转录组是所有的转录的RNA,狭义的是mRNA.我理解的真核可以通过polyA得到,原核可能不全是mRNA,为去除rRNA和tRNA后的转录本。
3.全长为起始密码子至终止密码子。
4.两条链都参照。一对引物分别结合,扩增之间的双链。
5.我认为是的。

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2楼2016-04-03 13:04:58
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dsrocean at 2016-04-03 13:04:58
1,我觉得,基因的方向是指位于基因组的哪条链上,只要知道基因序列比对一下基因组即可。
2.广义的转录组是所有的转录的RNA,狭义的是mRNA.我理解的真核可以通过polyA得到,原核可能不全是mRNA,为去除rRNA和tRNA后 ...

关于基因全长,我想问,我有一段基因,是有起始密码子和终止密码子,但是在里面找阅读框翻译氨基酸的时候,发现最后阅读框最后没有终止密码子,也就是阅读框不完整,那岂不是也说明基因也并不是全长啊

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3楼2016-04-03 15:14:28
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dsrocean

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by prthefu at 2016-04-03 15:14:28
关于基因全长,我想问,我有一段基因,是有起始密码子和终止密码子,但是在里面找阅读框翻译氨基酸的时候,发现最后阅读框最后没有终止密码子,也就是阅读框不完整,那岂不是也说明基因也并不是全长啊
...

终止密码子是不翻译的。全长基因通常是ATG打头,终止子TAA,或TGA,或TAG结束,之间的编码序列为3的倍数。

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4楼2016-04-05 10:07:38
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dsrocean

木虫 (小有名气)

基因是DNA序列,真核和原核基因预测是不同的。

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5楼2016-04-05 10:09:40
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hxl2011

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dsrocean at 2016-04-05 10:07:38
终止密码子是不翻译的。全长基因通常是ATG打头,终止子TAA,或TGA,或TAG结束,之间的编码序列为3的倍数。
...

但是一个基因的起始密码子有好几个,怎么确定就是完整的阅读框
6楼2016-11-01 09:25:25
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