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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP计算，坐标原子固定方法|插件
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

[求助] VASP计算，坐标原子固定方法|插件 已有2人参与

通常在计算一个体系的时候，由于晶胞比较大，原子个数多，如果采用完全驰豫的话计算太耗时，并且不容易收敛，所以通常会选择固定外围骨架原子，只选择反应活性中心的部位原子可以驰豫，我一般都是把晶胞导出POSCAR后再根据MS里面结构，一个一个查找需要驰豫的原子坐标，手动固定或者驰豫，小的还好，但是遇到多一点原子的情况，这样做太费时了还容易出错，大家通常怎么处理的？有没有好的建议呢？

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加油
1楼 2016-03-29 15:45:26
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jackjiejl: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-29 22:25:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-03-29 16:02:20
比如说我要在Si-O-Al结构的骨架中吸附个丙酮小分子C H O ，但是骨架也有很多氧原子，我只是固定部分的原子，您说的还是不行啊，没有madeA。我在想有没有小插件好用的呢
...

你可以编写这么一个程序。
首先程序读入POSCAR信息，然后输入一个活性中心坐标和一个半径，通过程序算每个原子与这个中心坐标的距离，如果小于这个半径，为T，大于这个半径，为F。如此便很妥当。思路很清晰，程序实现起来应该也不复杂。
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4楼2016-03-29 17:47:44
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
更改元素种类，固定之后，再改回来

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2楼2016-03-29 15:50:36
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jackjiejl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-03-29 15:50:36
更改元素种类，固定之后，再改回来

比如说我要在Si-O-Al结构的骨架中吸附个丙酮小分子C H O ，但是骨架也有很多氧原子，我只是固定部分的原子，您说的还是不行啊，没有madeA。我在想有没有小插件好用的呢

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加油
3楼2016-03-29 16:02:20
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
请问你现在有办法解决这个问题了吗？我也有这个困惑
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
5楼2016-12-08 09:26:00
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