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jackjiejl

木虫 (小有名气)

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专业: 催化化学

[求助] VASP计算，坐标原子固定方法|插件已有2人参与

通常在计算一个体系的时候，由于晶胞比较大，原子个数多，如果采用完全驰豫的话计算太耗时，并且不容易收敛，所以通常会选择固定外围骨架原子，只选择反应活性中心的部位原子可以驰豫，我一般都是把晶胞导出POSCAR后再根据MS里面结构，一个一个查找需要驰豫的原子坐标，手动固定或者驰豫，小的还好，但是遇到多一点原子的情况，这样做太费时了还容易出错，大家通常怎么处理的？有没有好的建议呢？

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加油

1楼 2016-03-29 15:45:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jackjiejl: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-29 22:25:22

引用回帖:

3楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-03-29 16:02:20
比如说我要在Si-O-Al结构的骨架中吸附个丙酮小分子C H O ，但是骨架也有很多氧原子，我只是固定部分的原子，您说的还是不行啊，没有madeA。我在想有没有小插件好用的呢
...

你可以编写这么一个程序。
首先程序读入POSCAR信息，然后输入一个活性中心坐标和一个半径，通过程序算每个原子与这个中心坐标的距离，如果小于这个半径，为T，大于这个半径，为F。如此便很妥当。思路很清晰，程序实现起来应该也不复杂。