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jackjiejl

木虫 (小有名气)

[求助] VASP计算,坐标原子固定方法|插件 已有2人参与

通常在计算一个体系的时候,由于晶胞比较大,原子个数多,如果采用完全驰豫的话计算太耗时,并且不容易收敛,所以通常会选择固定外围骨架原子,只选择反应活性中心的部位原子可以驰豫,我一般都是把晶胞导出POSCAR后再根据MS里面结构,一个一个查找需要驰豫的原子坐标,手动固定或者驰豫,小的还好,但是遇到多一点原子的情况,这样做太费时了还容易出错,大家通常怎么处理的?有没有好的建议呢?

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加油
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-03-29 15:50:36
更改元素种类,固定之后,再改回来

比如说我要在Si-O-Al结构的骨架中吸附个丙酮小分子C H O ,但是骨架也有很多氧原子,我只是固定部分的原子,您说的还是不行啊,没有madeA。我在想有没有小插件好用的呢

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加油
3楼2016-03-29 16:02:20
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
更改元素种类,固定之后,再改回来

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2楼2016-03-29 15:50:36
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jackjiejl: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-29 22:25:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-03-29 16:02:20
比如说我要在Si-O-Al结构的骨架中吸附个丙酮小分子C H O ,但是骨架也有很多氧原子,我只是固定部分的原子,您说的还是不行啊,没有madeA。我在想有没有小插件好用的呢
...

你可以编写这么一个程序。
首先程序读入POSCAR信息,然后输入一个活性中心坐标和一个半径,通过程序算每个原子与这个中心坐标的距离,如果小于这个半径,为T,大于这个半径,为F。如此便很妥当。思路很清晰,程序实现起来应该也不复杂。
4楼2016-03-29 17:47:44
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

请问你现在有办法解决这个问题了吗?我也有这个困惑
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
5楼2016-12-08 09:26:00
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