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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 同源模建评价问题
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陆鸿远

金虫 (小有名气)

[求助] 同源模建评价问题 已有3人参与

每次把建好的蛋白PDB格式上传SAVES网站后 想进行PROCHECK，结果就出现下面的错误  求解答及解决方法

同源模建评价问题
捕获.PNG
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1楼 2016-03-25 09:16:17
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
陆鸿远: 金币+2, 恩 是这个原因 2016-05-20 16:35:18
是不是pdb文件有问题
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2楼2016-03-28 10:11:58
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陆鸿远

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2016-03-28 10:11:58
是不是pdb文件有问题

好像不是的 我换了他的模板蛋白试了一下 结果也是这样 难道解析出的蛋白也有这种问题？
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3楼2016-03-28 16:29:56
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wx900901

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 陆鸿远 at 2016-03-28 16:29:56
好像不是的 我换了他的模板蛋白试了一下 结果也是这样 难道解析出的蛋白也有这种问题？...

你好，想请教一下，现在的saves 4给出的拉氏图各区域所占部分的具体数值在哪里显示？
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这个世界并非不好，只是我们没有见过好的罢了
4楼2016-04-22 08:40:32
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殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
陆鸿远: 金币+5, 你说的很对 我后来找老师帮忙解决了这个问题 用sybyl保存的就可以 2016-05-20 16:34:56
应该是PDB的问题。我在使用PROCHECK的过程中，发现某些PDB文件能用，某些PDB文件不行。采用同源模建、分子动力学模拟生成的PDB文件，经常不能用。应该是PROCHECK对PDB文件的格式有要求。建议采用多种软件转换一下。
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5楼2016-04-22 11:25:02
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陆鸿远

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wx900901 at 2016-04-22 08:40:32
你好，想请教一下，现在的saves 4给出的拉氏图各区域所占部分的具体数值在哪里显示？...

就在图表的下方有的
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6楼2016-05-20 16:33:45
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许你安然然

新虫 (初入文坛)
请问楼主最后怎解决的呢？遇到同样问题，求助
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7楼2017-04-04 15:25:03
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许你安然然

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-04-04 15:25:03
请问楼主最后怎解决的呢？遇到同样问题，求助

不好意思，刚才大意没看到楼上的回复，我也是用sybyl保存就可以了，谢谢楼主
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8楼2017-04-04 15:51:51
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