| 查看: 4740 | 回复: 8 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[求助]
从LAMMPS得到的原子速度，如何计算速度自相关函数（VAF）？求助 已有3人参与
|
||||
| 比如说我的系统里有4000个原子，在某个状态下跑了100步，每一步的时间间隔是确定的（2fs），每一步时每个原子的三维速度都会输出。我想计算这个系统的速度自相关函数VAF，计算公式是<v(0)·v(t)> 。我不太明白这个公式的含义是计算什么，用FORTRAN或MATLAB应该如何编程实现呢？紧急求助，不胜感激。 |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有80人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有14人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有8人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps中计算弹性常数的例子是基于什么原理？
已经有1人回复
- 从lammps模拟使用的势函数画出势能曲线
已经有0人回复
- 急求解答：lammps安装问题
已经有10人回复
- 对原子数过多的晶格进行结构优化
已经有3人回复
- 【转】（已搜索无重复）LAMMPS中fix ave spatial空间平均命令中文版
已经有26人回复
- 求助？怎么从剑桥晶体库得到物质的结构数据
已经有5人回复
- lammps 时间关联函数求助
已经有1人回复
- LAMMPS温度－步长曲线震荡
已经有11人回复
- 有用lammps模拟过聚合物的相关性能吗？
已经有12人回复
- python之蟒开启理论计算化学的新时代
已经有22人回复
- 关于towhee 回答zhang_jaj的问题
已经有44人回复
- 怎样用lammps得到无定形Si的结构
已经有3人回复
- 站里关于MS Analysis计算材料的应力应变与Cubic以及Trigonal cell弹性常数的讨论
已经有34人回复
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
5楼2016-06-27 18:52:22
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
2楼2016-03-22 14:32:44
challenger9
银虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 278.1
- 红花: 1
- 帖子: 50
- 在线: 55.8小时
- 虫号: 2382504
- 注册: 2013-03-27
- 专业: 电磁场与波
3楼2016-06-24 10:06:08
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
|
% a matlab script for calculating VACF from velocity data clear; load v.txt; % assume your velocity data are in the above file and assume the format is (N is the number of atoms, M is the number of time points): % vx_1 vy_1 vz_1 % time point 1 % vx_2 vy_2 vz_2 % time point 1 % ... % time point 1 % vx_N, vy_N, vz_N % time point 1 % vx_1 vy_1 vz_1 % time point 2 % vx_2 vy_2 vz_2 % time point 2 % ... % time point 2 % vx_N, vy_N, vz_N % time point 2 % ... % vx_1 vy_1 vz_1 % time point M % vx_2 vy_2 vz_2 % time point M % ... % time point M % vx_N, vy_N, vz_N % time point M N = xxx; % number of atoms in your system M = length(v)/N; % number of time points for your velocity data dt = xxx; % the time interval between two set of velocities (in some unit) Nt = xxx; % maximum length of the correlation your want (usually Nt = M/10 is a good choice) time = dt*(0:Nt-1); M = M-Nt; % you have to waste a small portion of data vacf=zeros(Nt,1); for nt=0:Nt-1 for m=1:M vacf(nt+1,  =sum(sum(v_all((m-1)*N+1:m*N,.*v_all((m+nt-1)*N+1 m+nt)*N,));end end %vacf=vacf/M; % you can also normalize it by using [vacf=vacf(1);] if you want % now you can plot the result: close all; figure; plot(time, vacf,'o-'); xlabel('time (some unit)'); ylabel('VACF (some unit)'); |
4楼2016-06-27 18:45:07
25