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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 从LAMMPS得到的原子速度，如何计算速度自相关函数（VAF）？求助
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安安安子

新虫 (初入文坛)

[求助] 从LAMMPS得到的原子速度，如何计算速度自相关函数（VAF）？求助 已有3人参与

比如说我的系统里有4000个原子，在某个状态下跑了100步，每一步的时间间隔是确定的（2fs），每一步时每个原子的三维速度都会输出。我想计算这个系统的速度自相关函数VAF，计算公式是<v(0)·v(t)> 。我不太明白这个公式的含义是计算什么，用FORTRAN或MATLAB应该如何编程实现呢？紧急求助，不胜感激。
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1楼 2016-03-22 14:09:17
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

sorry, v_all should be v in some line of the code.
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5楼2016-06-27 18:52:22
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以参考这本书《Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications》
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2楼2016-03-22 14:32:44
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challenger9

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-22 14:32:44
可以参考这本书《Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications》

这个问题你应该早就破解了吧！！我现在在做苯的自相关，求助，求分享
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3楼2016-06-24 10:06:08
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

% a matlab script for calculating VACF from velocity data
clear;
load v.txt;
% assume your velocity data are in the above file and assume the format is (N is the number of atoms, M is the number of time points):
% vx_1 vy_1 vz_1      % time point 1
% vx_2 vy_2 vz_2      % time point 1
% ...                            % time point 1
% vx_N, vy_N, vz_N   % time point 1
% vx_1 vy_1 vz_1      % time point 2
% vx_2 vy_2 vz_2      % time point 2
% ...                            % time point 2
% vx_N, vy_N, vz_N  % time point 2
% ...                           
% vx_1 vy_1 vz_1     % time point M
% vx_2 vy_2 vz_2     % time point M
% ...                           % time point M
% vx_N, vy_N, vz_N  % time point M

N = xxx; % number of atoms in your system
M = length(v)/N; % number of time points for your velocity data
dt = xxx; % the time interval between two set of velocities (in some unit)
Nt = xxx; % maximum length of the correlation your want (usually Nt = M/10 is a good choice)
time = dt*(0:Nt-1);
M = M-Nt; % you have to waste a small portion of data

vacf=zeros(Nt,1);
for nt=0:Nt-1
   for m=1:M
       vacf(nt+1,=sum(sum(v_all((m-1)*N+1:m*N,.*v_all((m+nt-1)*N+1m+nt)*N,));
   end
end
%vacf=vacf/M;  % you can also normalize it by using [vacf=vacf(1);] if you want

% now you can plot the result:
close all;
figure;
plot(time, vacf,'o-');
xlabel('time (some unit)');
ylabel('VACF (some unit)');
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4楼2016-06-27 18:45:07
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