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从LAMMPS得到的原子速度，如何计算速度自相关函数（VAF）？求助 已有3人参与
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| 比如说我的系统里有4000个原子，在某个状态下跑了100步，每一步的时间间隔是确定的（2fs），每一步时每个原子的三维速度都会输出。我想计算这个系统的速度自相关函数VAF，计算公式是<v(0)·v(t)> 。我不太明白这个公式的含义是计算什么，用FORTRAN或MATLAB应该如何编程实现呢？紧急求助，不胜感激。 |
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【答案】应助回帖
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% a matlab script for calculating VACF from velocity data clear; load v.txt; % assume your velocity data are in the above file and assume the format is (N is the number of atoms, M is the number of time points): % vx_1 vy_1 vz_1 % time point 1 % vx_2 vy_2 vz_2 % time point 1 % ... % time point 1 % vx_N, vy_N, vz_N % time point 1 % vx_1 vy_1 vz_1 % time point 2 % vx_2 vy_2 vz_2 % time point 2 % ... % time point 2 % vx_N, vy_N, vz_N % time point 2 % ... % vx_1 vy_1 vz_1 % time point M % vx_2 vy_2 vz_2 % time point M % ... % time point M % vx_N, vy_N, vz_N % time point M N = xxx; % number of atoms in your system M = length(v)/N; % number of time points for your velocity data dt = xxx; % the time interval between two set of velocities (in some unit) Nt = xxx; % maximum length of the correlation your want (usually Nt = M/10 is a good choice) time = dt*(0:Nt-1); M = M-Nt; % you have to waste a small portion of data vacf=zeros(Nt,1); for nt=0:Nt-1 for m=1:M vacf(nt+1,  =sum(sum(v_all((m-1)*N+1:m*N,.*v_all((m+nt-1)*N+1 m+nt)*N,));end end %vacf=vacf/M; % you can also normalize it by using [vacf=vacf(1);] if you want % now you can plot the result: close all; figure; plot(time, vacf,'o-'); xlabel('time (some unit)'); ylabel('VACF (some unit)'); |
4楼2016-06-27 18:45:07
brucefan
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