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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wyangdao

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs软件如何计算盐桥数目 已有1人参与

请问gromacs软件如何计算盐桥的数目。我用g_sas这个命令得到3个xvg文件,但没有数目,而命令窗口中出现了一些氨基酸残基,但是同一个氨基撒重复出现几次,这是算一个盐桥?还是有几次算几次,详见下图

gromacs软件如何计算盐桥数目
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wyangdao

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

谢谢
3楼2016-03-22 16:06:59
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-03-21 23:38:31
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十天235

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

VMD怎么算?
4楼2016-04-20 14:54:14
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十天235 at 2016-04-20 14:54:14
VMD怎么算?...

自己摸索一下 2min内能找到

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-04-20 23:03:56
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