24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1824  |  回复: 4

wyangdao

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs软件如何计算盐桥数目 已有1人参与

请问gromacs软件如何计算盐桥的数目。我用g_sas这个命令得到3个xvg文件,但没有数目,而命令窗口中出现了一些氨基酸残基,但是同一个氨基撒重复出现几次,这是算一个盐桥?还是有几次算几次,详见下图

gromacs软件如何计算盐桥数目
5EI8F3EGD(D5}3WET4B@]1L.png
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-03-21 23:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyangdao

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

谢谢
3楼2016-03-22 16:06:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十天235

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

VMD怎么算?
4楼2016-04-20 14:54:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十天235 at 2016-04-20 14:54:14
VMD怎么算?...

自己摸索一下 2min内能找到

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-04-20 23:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wyangdao 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 343求调剂 +8 爱羁绊 2026-03-28 8/400 2026-03-31 16:12 by 不吃魚的貓
[考研] 08工科,295,接受跨专业调剂 +4 lmnlzy 2026-03-31 4/200 2026-03-31 15:25 by 西京学院招办
[考研] 070300化学专业279调剂 +5 哈哈哈^_^ 2026-03-31 5/250 2026-03-31 14:32 by 六翼TMR
[考研] 考研生物与医药调剂 +4 铁憨憨123425 2026-03-31 4/200 2026-03-31 14:25 by 记事本2026
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +7 美味可乐鸡翅 2026-03-26 7/350 2026-03-31 14:23 by 18828373951
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突, 2026-03-31 5/250 2026-03-31 11:29 by 北风之神.
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +5 这是有太阳哇 2026-03-25 5/250 2026-03-31 09:59 by luoyongfeng
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600,349 +6 吃的不少 2026-03-30 6/300 2026-03-31 04:17 by fmesaito
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 11408总分309,一志愿东南大学求调剂,不挑专业 +5 天赋带到THU 2026-03-29 6/300 2026-03-30 20:49 by dick_runner
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
[考研] 求调剂 +7 青春裁为三截 2026-03-29 7/350 2026-03-30 13:14 by laoshidan
[考研] 求化学调剂 +11 wulanna 2026-03-28 11/550 2026-03-30 10:59 by 探123
[考研] 349求调剂 +6 李木子啊哈哈 2026-03-25 6/300 2026-03-29 12:47 by 无际的草原
[考研] 本科双非材料,跨考一志愿华电085801电气,283求调剂,任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
[考研] 一志愿华理,数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 12/600 2026-03-28 18:15 by AZMK
[考研] 286求调剂 +12 PolarBear11 2026-03-26 12/600 2026-03-28 12:14 by zllcz
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 调剂推荐 +5 清酒714 2026-03-26 6/300 2026-03-27 11:12 by 不吃魚的貓
信息提示
请填处理意见