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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » gromacs软件如何计算盐桥数目
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wyangdao

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs软件如何计算盐桥数目 已有1人参与

请问gromacs软件如何计算盐桥的数目。我用g_sas这个命令得到3个xvg文件，但没有数目，而命令窗口中出现了一些氨基酸残基，但是同一个氨基撒重复出现几次，这是算一个盐桥？还是有几次算几次，详见下图

gromacs软件如何计算盐桥数目
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1楼 2016-03-21 18:57:07
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

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2楼2016-03-21 23:38:31
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wyangdao

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

谢谢
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3楼2016-03-22 16:06:59
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十天235

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

VMD怎么算？
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4楼2016-04-20 14:54:14
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 十天235 at 2016-04-20 14:54:14
VMD怎么算？...

自己摸索一下 2min内能找到

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5楼2016-04-20 23:03:56
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