24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1819  |  回复: 4

wyangdao

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs软件如何计算盐桥数目 已有1人参与

请问gromacs软件如何计算盐桥的数目。我用g_sas这个命令得到3个xvg文件,但没有数目,而命令窗口中出现了一些氨基酸残基,但是同一个氨基撒重复出现几次,这是算一个盐桥?还是有几次算几次,详见下图

gromacs软件如何计算盐桥数目
5EI8F3EGD(D5}3WET4B@]1L.png
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-03-21 23:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyangdao

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

谢谢
3楼2016-03-22 16:06:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十天235

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2016-03-21 23:38:31
盐桥是长程力 而且还没方向限制
当然可能会一个原子出现几次…具体盐桥数据统计还的看你的截断设置为多少。
我推荐用vmd算 简单明了。

VMD怎么算?
4楼2016-04-20 14:54:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十天235 at 2016-04-20 14:54:14
VMD怎么算?...

自己摸索一下 2min内能找到

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-04-20 23:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wyangdao 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-27 9/450 2026-03-30 20:10 by 无际的草原
[考研] 346求调剂 一志愿070303有机化学 +7 萝卜炖青菜 2026-03-28 8/400 2026-03-30 19:59 by 无际的草原
[考研] 11408总分309,一志愿东南大学求调剂,不挑专业 +4 天赋带到THU 2026-03-29 5/250 2026-03-30 17:33 by zhulin1989
[考研] 283求调剂(080500) +14 A child 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:06 by 探123
[考研] 332求调剂 +6 Lyy930824@ 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:53 by 1172367218
[考研] 085600,材料与化工321分求调剂 +10 大馋小子 2026-03-28 10/500 2026-03-29 23:35 by 飞行日记西
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-24 6/300 2026-03-29 20:45 by 无际的草原
[考研] 070305高分子化学与物理 304分求调剂 +12 c297914 2026-03-28 12/600 2026-03-29 16:21 by Serene1974
[考研] 349求调剂 +6 李木子啊哈哈 2026-03-25 6/300 2026-03-29 12:47 by 无际的草原
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:06 by longlotian
[考研] 数一英一271专硕(085401)求调剂,可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 本科新能源科学与工程,一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 343求调剂 +5 爱羁绊 2026-03-28 5/250 2026-03-28 20:53 by 唐沐儿
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +10 y7czhao 2026-03-26 10/500 2026-03-28 14:23 by 唐沐儿
[考研] 070300求调剂306分 +4 26要上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-28 13:06 by 唐沐儿
[考研] 314求调剂 +3 溪云珂 2026-03-26 3/150 2026-03-27 11:20 by sanrepian
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 5/250 2026-03-27 10:33 by wangjy2002
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 打过很多竞赛,085406控制工程300分,求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
信息提示
请填处理意见