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木小默1212

金虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计 已有4人参与

本人现在正在做克隆实验,主要是克隆淀粉分支酶中一个同工酶基因的CDs区,以下是目的基因的mRNA,包含有目的基因的CDs区,其中mRNA全长为2780,CDs为7-2496,基因在NCBI登陆号为AF064561,是大麦的淀粉分支酶基因,我用了Oligo7和NCBI设计引物,但是得到的引物都没能够把CDs全全部包含进去,求助各位大侠帮助设计引物,在下感激不尽!谢谢!

1 ggcgagatgg cggcgccggc gttcgcagtt tccgcggcgg ggatcgcccg gccatcggct
       61 cgtcgatcca gcggggcaga gccgagatcg ctgctcttcg gccgcaacaa gggcacccgt
      121 ttcccccgtg ccgtcggcgt cggaggttct gggtggcgcg tggtcatgcg cgcgggcggc
      181 ccgtccgggg aggtgatgat ccctgacggc ggtagtggcg gaagcggaac accgccttcc
      241 atcgagggtt ccgttcagtt cgagtctgat gatctggagg ttccattcat cgacgatgaa
      301 ccaagcctgc acgatggagg tgaagatact attcggtctt cagagacata tcaggttact
      361 gaagaaattg atgctgaagg cgtgagcaga atggacaaag aatcatccac ggtgaagaaa
      421 atacgcattg tgccacaacc cggaaatgga cagcaaatat acgacattga cccaatgctc
      481 cgagacttta agtaccatct tgagtatcga tacagcctat ataggagaat acgttcagac
      541 attgatgaat acgatggagg catggatgta ttttcccgcg gctacgagaa gtttggattt
      601 gttcgcagcg ctgaaggtat cacttaccga gaatgggctc ctggagcaga ttctgcagca
      661 ttagttggcg acttcaacaa ttgggatcca actgcagacc atatgagcaa aaatgacttg
      721 ggtatttggg agatttttct gccaaacaat gcagatggtt cgccgccaat tcctcatggc
      781 tcacgggtga aggtgcggat ggatactcca tctgggacaa aggattcaat tcctgcttgg
      841 atcaagtact ccgtgcagac tccaggagat ataccataca atggaatata ttatgaccct
      901 cctgaagagg agaagtatgt attcaagcat cctcaaccta aacgaccaaa atcattgcgg
      961 atatatgaaa cacatgttgg catgagtagc ccggaaccaa agatcaacac atatgcaaac
     1021 ttcagagatg aggtgcttcc aagaattaaa agacttggat acaatgcagt tcaaataatg
     1081 gcaatccaag agcattcata ctatggaagc tttgggtacc atgttaccaa tttctttgca
     1141 ccaagtagcc gttttgggtc cccagaagat ttaaaatcct tgattgatag agctcacgag
     1201 cttggtttgc ttgtcctgat ggatgttgtt cacagtcacg catcaagtaa taccttggac
     1261 ggtttgaatg gttttgatgg cacggataca cattactttc atggcggctc acggggccat
     1321 cactggatgt gggattctcg tgtgttcaac tacgggaata aggaagttat aaggtttcta
     1381 ctttccaatg caagatggtg gctagaggaa tataagttcg atggtttccg attcgacggc
     1441 gcgacctcca tgatgtatac ccaccatgga ttacaagtaa cctttacagg gagctaccat
     1501 gaatattttg gctttgccac ggatgtagat gcagttgttt acttgatgct ggtgaatgat
     1561 ctaattcacg cgctttatcc tgaagccgtt actattggtg aagatgttag tggaatgcct
     1621 acatttgccc ttcctgttca agttggtggg gttggttttg actatcgctt acatatggcc
     1681 gttgccgata aatggattga acttctcaaa ggaagcgatg aaggttggga gatgggtaat
     1741 attgtgcaca cactaacaaa tagaaggtgg ttggaaaagt gtgttactta tgctgaaagt
     1801 catgatcaag cacttgttgg agacaagact attgcattct ggttgatgga caaggatatg
     1861 tatgatttca tggctctgaa cggaccttcg acacctaata ttgatcgcgg aatagcactg
     1921 cataaaatga ttagacttat cacaatggct ttaggaggag agggttatct taactttatg
     1981 ggaaatgagt tcgggcatcc tgaatggata gactttccaa gaggcccaca agtacttcca
     2041 actggtaagt tcatcccagg aaataacaac agttacgaca aatgccgtcg aagatttgac
     2101 ctgggtgatg cagaatttct caggtatcat ggtatgcagc aatttgatca ggcaatgcag
     2161 catcttgagg aaaaatatgg ctttatgaca tcagaccacc agtacgtatc tcggaaacac
     2221 gaggaagata aggtgatcgt gtttgaaaaa ggggacttgg tatttgtgtt caacttccac
     2281 tggagtaata gctatttcga ctaccgggtc ggttgcttaa agcctgggaa gtacaaggtg
     2341 gtgttagact cagacgctgg actctttggt ggatttggta ggatccatca cactggagag
     2401 cacttcacta atggctgcca acatgacaac aggccccatt cgttctcagt gtacactcct
     2461 agcagaacct gtgttgtcta tgctccaatg aactaacagc aaagtgcagc atgcgcatgc
     2521 gcgctgttgt tgcttagtag caacataaat cgtatggtca atacaaccag gtgcaaggtt
     2581 taataaggtt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttgcttca
     2641 accagtcctg gatagacaag acaacatgat gttgtgctgt gtgctcccaa tccccagggc
     2701 gttgtgagga aaacatgctc atctgtgtta ccattttatg aatcagcaac gatacttctc
     2761 ccaaaaaaaa aaaaaaaaaa
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木小默1212

金虫 (初入文坛)

用了Primer5和Oligo还有NCBI,都不理想,达不到要求!
9楼2016-03-21 19:32:12
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查看全部 34 个回答

yvonne9044

新虫 (正式写手)

这两个我没用过,你你把范围选到你的目的片段之外不行么

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2楼2016-03-21 17:30:00
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施子墨

金虫 (正式写手)

你要是扩增整个CDS区,你手动设计不就好了~

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-03-21 18:02:15
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Bioexperixgs

新虫 (正式写手)

用什么软件啊,我们都是直接序列上选的,只要符合引物的一些基本要求就可以了。pcr是很贱的。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2016-03-21 19:12:53
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