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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 模拟粘土的吸附，发现粘土形变的厉害，请问有谁知道是什么原因么？
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沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] lammps 模拟粘土的吸附，发现粘土形变的厉害，请问有谁知道是什么原因么？ 已有5人参与

问题是这样的：
我在nvt条件下模拟粘土对水溶液中离子的吸附，在用VMD查看结构的时候，发现粘土的结构变形很厉害，不知道是什么原因。图1和2分别是模拟初始和最终的粘土结构。可以看到最终粘土上的各原子分布混乱。
对于粘土，我只计算了键的伸缩势能，角和二面角势能都没有计算
烦请了解的人给一些建议，不胜感激！

lammps 模拟粘土的吸附，发现粘土形变的厉害，请问有谁知道是什么原因么？
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lammps 模拟粘土的吸附，发现粘土形变的厉害，请问有谁知道是什么原因么？-1
2.png
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你若盛开清风自来
1楼 2016-03-18 09:30:27
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木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你用的是什么力场呢？
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2楼2016-03-19 13:00:30
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stormlike

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沫水abc: 金币+3, ★有帮助 2016-03-21 13:59:49
粘土只计算了键的伸缩势能，角和二面角势能都没有计算
——那不就是跟LJ势函数差不多？
那就不是黏土，而只是气体分子而已
气体吸附了之后就是这种混乱的样子
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3楼2016-03-19 15:12:43
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沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 木子熙涵 at 2016-03-19 13:00:30
你用的是什么力场呢？

clayff力场
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你若盛开清风自来
4楼2016-03-20 15:38:50
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沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stormlike at 2016-03-19 15:12:43
粘土只计算了键的伸缩势能，角和二面角势能都没有计算
——那不就是跟LJ势函数差不多？
那就不是黏土，而只是气体分子而已
气体吸附了之后就是这种混乱的样子

文献中这么说的，只计算原子间的范德华力和库伦作用力，以及粘土上羟基的振动等，其他不算，使粘土保持“rigid”，所以我不太明白这个rigid到底是啥意思？可不可以把势能参数k1、k2这些设置为0呢？
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你若盛开清风自来
5楼2016-03-20 15:41:50
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
所谓rigid是键、角、二面角的力参数用较大的参数，或者采用约束方法，后者效率高一些。
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6楼2016-03-20 22:48:25
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花过流年

新虫 (小有名气)
好漂亮

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-03-20 23:00:31
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沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by bluewhale at 2016-03-20 22:48:25
所谓rigid是键、角、二面角的力参数用较大的参数，或者采用约束方法，后者效率高一些。

能说具体一些吗？rigid 采用较大的参数，大到多少丫？您说的约束方法，可以麻烦您细讲讲么
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你若盛开清风自来
8楼2016-03-21 13:59:27
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digghost

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

边界固定了么,一般模拟表层的时候要固定边界
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呵呵了
9楼2016-03-22 08:36:58
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闲云野鹤2016

新虫 (小有名气)
in文件可以分享下嘛？我做二氧化钛吸附！想借鉴下！

发自小木虫Android客户端
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10楼2017-05-09 18:49:50
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