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fwforest金虫 (小有名气)
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100金币求助msi2lmp导出LAMMPS数据文件的问题
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我想用LAMMPS和CLAYFF力场做粘土矿物的分子模拟。在MS中首先建好结构，并根据CLAYFF力场中原子的type分配好，然后导出.car和.mdf文件，但是我用msi2lmp转换data file时遇到了问题，报的错误如下： -------------------------------------------------------------------------------------------------- Running msi2lmp v3.9.1 / 08-Oct-2013 ... Forcefield: Class I Forcefield file name: ../frc_files/clayff.frc Reading car file: quartz_alpha.car Reading mdf file: quartz_alpha.mdf Building internal coordinate lists Reading forcefield file Get force field parameters for this system Unable to find equivalent type for ob Unable to find equivalent type for st Unable to find bond data for ob st ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 但是实际上，我将自己导出的.car, .mdf文件和msi2lmp自带的例子做了一些比较，没看出来什么问题。但是例子可以运行，我导出的文件就运行不了，期待大神帮我解决一下，非常感谢！ 另外，如果模拟的时候要实现CLAYFF力场和CVFF力场的耦合该怎么做呢？ 我导出的.car文件： ----------------------------------------------------------------------------------------------------- !BIOSYM archive 3 PBC=ON Materials Studio Generated CAR File !DATE Wed May 21 21:42:07 2014 PBC 4.9100 4.9100 5.4020 90.0000 90.0000 120.0000 (P1) O1 -0.280434837 1.762907387 0.629330000 XXXX 1 ob O 0.000 O2 1.068492788 3.127863797 4.230663333 XXXX 1 ob O 0.000 O3 -0.788057951 3.613591183 2.429996667 XXXX 1 ob O 0.000 O4 1.666940000 0.638590000 4.772670000 XXXX 1 ob O 0.000 O5 2.174563113 2.489273797 1.171336667 XXXX 1 ob O 0.000 O6 3.523490739 1.124317387 2.972003333 XXXX 1 ob O 0.000 Si1 1.180315677 2.044366722 0.000000000 XXXX 1 st Si 0.000 Si2 2.549364547 0.000000000 3.601333333 XXXX 1 st Si 0.000 Si3 -1.274682273 2.207814461 1.800666667 XXXX 1 st Si 0.000 end end --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 导出的.mdf文件： !BIOSYM molecular_data 4 !Date: Wed May 21 21:42:07 2014 Materials Studio Generated MDF file #topology @column 1 element @column 2 atom_type @column 3 charge_group @column 4 isotope @column 5 formal_charge @column 6 charge @column 7 switching_atom @column 8 oop_flag @column 9 chirality_flag @column 10 occupancy @column 11 xray_temp_factor @column 12 connections @molecule quartz_alpha XXXX_1:O1 O ob ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 Si1 Si3 XXXX_1:O2 O ob ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 Si2 Si1 XXXX_1:O3 O ob ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 Si3 Si2 XXXX_1:O4 O ob ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 Si1 Si2 XXXX_1:O5 O ob ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 Si3 Si1 XXXX_1:O6 O ob ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 Si2 Si3 XXXX_1:Si1 Si st ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 O1 O4 O5 O2 XXXX_1:Si2 Si st ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 O2 O6 O4 O3 XXXX_1:Si3 Si st ? 0 0 0.0000 0 0 8 1.0000 0.0000 O3 O5 O6 O1 ! #symmetry @periodicity 3 xyz @group (P1) #end ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
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