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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用velocity拉伸的时候感觉参数不受控制啊？
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莽子大虾

金虫 (小有名气)

[交流] 用velocity拉伸的时候感觉参数不受控制啊？ 已有5人参与

小弟测试velocity拉伸的时候在拉伸方向无论多少的速度值都没用啊？哪位大神能帮我看看哪里有错误啊？碳纳米管长60埃，左侧z方向的坐标为0，右侧z方向的坐标为60，下面是我的in文件：
# ------------------------ INITIALIZATION ----------------------------
dimension         3
units             metal
boundary          s s s
atom_style        atomic


# ----------------------- ATOM DEFINITION ----------------------------
lattice           sc 1
region            1 cylinder z 0.0 0.0  8  -5 65 units box
read_data         data.CNT


# ------------------------ FORCE FIELDS ------------------------------
pair_style        airebo 6.8 1 0
pair_coeff        * * CH.airebo  C


# ------------------------- SETTINGS ---------------------------------
group             innertube region 1
region            2 cylinder z 0.0 0.0  8  -5 2 units box
group             left region 2
region            3 cylinder z 0.0 0.0  8  58 65 units box
group             right region 3
#group             right subtract innertube left
variable zinner  equal xcm(innertube,z)
variable minner  equal xcm(innertube,z)
compute           s innertube stress/atom NULL
compute           peratom all pe/atom


######################################
# EQUILIBRATION
reset_timestep          0
timestep          0.001

min_style         sd
minimize          1.0e-12 1.0e-12 1000 1000

velocity innertube create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian
fix 1 all nvt temp 300 300 0.1

# Set thermo output
thermo 1000
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp v_minner
run 10000
unfix 1

# Store final cell length for strain calculations
variable tmp equal "lz"
variable L0 equal ${tmp}
print "Initial Length, L0: ${L0}"

######################################
# DEFORMATION
reset_timestep        0

fix 2 all nvt temp 300 300 0.1
#variable srate equal 1.0e10
#variable srate1 equal "v_srate / 1.0e12"
#fix                3 innertube deform 1 z erate ${srate1} units box remap x
velocity        innertube set  0.0 0.0 0.0 units box
fix             3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0
velocity        left set NULL NULL -0.001 sum yes units box
velocity        right set NULL NULL 0.001 sum yes units box

# Output strain and stress info to file
# for units metal, pressure is in [bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa]
# p2, p3, p4 are in GPa
variable strain equal "(lz - v_L0)/v_L0"
variable p1 equal "v_strain"
variable p2 equal "-pxx/10000"
variable p3 equal "-pyy/10000"
variable p4 equal "-pzz/10000"
fix def1 all print 100 "${p1} ${p2} ${p3} ${p4}" file Al_SC_100.def1.txt screen no

dump                 1 all custom 1000 CNT.lammpstrj id type x y z fx fy fz
# Display thermo
thermo         1000
thermo_style        custom step v_strain temp v_p2 v_p3 v_p4 ke pe press lz v_minner

run 20000
######################################
# SIMULATION DONE
print "All done"
输出的信息为：
Step strain Temp p2 p3 p4 KinEng PotEng Press Lz minner
       0 0.0037365905 3.8565238e-011  -0.42502796  -0.61388038   0.37445622 4.4814685e-012   -6865.2825    2214.8404    59.593997     29.99946
    1000 0.0037365905 1.2198606e-008  -0.42500594  -0.61386409   0.37604147 1.4175375e-009   -6865.2821    2209.4285    59.593997     29.99946
    2000 0.0037365905 2.4239662e-005  -0.42420524   -0.6132768   0.43592395 2.8167667e-006    -6865.267    2005.1936    59.593997     29.99946
    3000 0.0037365905   0.10980239  -0.47745829  -0.67042215    3.2323895  0.012759572   -6856.8251   -6948.3635    59.593997     29.99946
    4000   0.30985771    384.56638  -0.65840803  -0.77243865   0.06564382    44.688486   -6691.5308    4550.6762    77.769065     29.99946
    5000    1.2320854    319.90647  -0.38637448  -0.45329122   0.15036334     37.17469   -6691.5308    2297.6746     132.5237     29.99946
    6000    2.1906111    272.98051  -0.27029958  -0.31711315   0.16197403    31.721665   -6691.5308     1418.129    189.43343     29.99946
    7000    3.1133352    286.53103  -0.20966461  -0.24597672   0.11292056    33.296301   -6691.5308    1142.4026    244.21755     29.99946
    8000    4.0690343    320.44628  -0.17013514  -0.19960108  0.065799461    37.237418   -6691.5308    1013.1225    300.95945     29.99946
    9000    4.9895184    309.95901  -0.14398835  -0.16892589  0.062447271    36.018747   -6691.5308    834.88989    355.61057     29.99946
   10000    5.9472747    283.54833  -0.12413801  -0.14563764  0.068515467    32.949697   -6691.5308    670.86728    412.47462     29.99946
   11000    6.8644522    291.22497  -0.10966064  -0.12865292  0.056756361     33.84176   -6691.5308    605.19065    466.92942     29.99946
   12000    7.8198568    314.71927 -0.097781728  -0.11471668  0.040323854    36.571912   -6691.5308    573.91519    523.65384     29.99946
   13000     8.740685    307.35174 -0.088538008  -0.10387203  0.039432058     35.71577   -6691.5308     509.9266    578.32539     29.99946
   14000    9.6970053     287.0275 -0.080622643 -0.094585793  0.043242322    33.353993   -6691.5308    439.88705    635.10418     29.99946
   15000    10.620286    293.17787 -0.074216834 -0.087070553  0.037763092    34.068696   -6691.5308    411.74765    689.92134     29.99946
   16000    11.579521    312.15349 -0.068557526   -0.0804311   0.02905966    36.273756   -6691.5308    399.76322    746.87318     29.99946
   17000    12.503847    305.95911 -0.063864825 -0.074925664  0.028841556    35.553938   -6691.5308    366.49644    801.75241     29.99946
   18000     13.46276      288.895 -0.059630449  -0.06995793  0.031484535    33.571006   -6691.5308    327.01281    858.68509     29.99946
   19000    14.386393    294.34889 -0.056050877 -0.065758407  0.028226033    34.204774   -6691.5308    311.94417    913.52322     29.99946
   20000    15.344039    310.63194  -0.05276669 -0.061905427   0.02272578    36.096944   -6691.5308    306.48779    970.38071     29.99946
为什么应变的增量会这么大？感觉完全不受控制，改velocity z方向的值也没用？不知道我的in文件那个地方用错了，还请各位大神帮帮忙修改一下。
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1楼 2016-03-07 10:05:45
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iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
拉伸过程，代码顺序也很重要，特别是使用一次性执行的命令时
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9楼2017-04-02 14:54:26
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zsilence

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fix             3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0  都不受力了 还怎么拉
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2楼2016-03-07 14:39:35
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莽子大虾

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zsilence at 2016-03-07 14:39:35
fix             3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0  都不受力了 还怎么拉

感谢，十分感谢，解决了，之前看到http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8144159&fpage=2&target=self&page=1这篇的例子才这么做的，一直在摸索········
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3楼2016-03-07 14:54:22
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莽子大虾

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zsilence at 2016-03-07 14:39:35
fix             3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0  都不受力了 还怎么拉

我用速度拉伸的话，该怎样以恒定的应变率拉呢？http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10042044&fpage=1
用velocity拉伸的时候感觉参数不受控制啊？
QQ截图20160307145501.png
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4楼2016-03-07 14:57:44
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