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莽子大虾

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[交流] 用velocity拉伸的时候感觉参数不受控制啊？已有5人参与

小弟测试velocity拉伸的时候在拉伸方向无论多少的速度值都没用啊？哪位大神能帮我看看哪里有错误啊？碳纳米管长60埃，左侧z方向的坐标为0，右侧z方向的坐标为60，下面是我的in文件：
# ------------------------ INITIALIZATION ----------------------------
dimension       3
units          metal
boundary       s s s
atom_style       atomic

# ----------------------- ATOM DEFINITION ----------------------------
lattice          sc 1
region          1 cylinder z 0.0 0.0  8  -5 65 units box
read_data       data.CNT

# ------------------------ FORCE FIELDS ------------------------------
pair_style       airebo 6.8 1 0
pair_coeff       * * CH.airebo  C

# ------------------------- SETTINGS ---------------------------------
group          innertube region 1
region          2 cylinder z 0.0 0.0  8  -5 2 units box
group          left region 2
region          3 cylinder z 0.0 0.0  8  58 65 units box
group          right region 3
#group          right subtract innertube left
variable zinner  equal xcm(innertube,z)
variable minner  equal xcm(innertube,z)
compute          s innertube stress/atom NULL
compute          peratom all pe/atom

######################################
# EQUILIBRATION
reset_timestep    0
timestep       0.001

min_style       sd
minimize       1.0e-12 1.0e-12 1000 1000

velocity innertube create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian
fix 1 all nvt temp 300 300 0.1

# Set thermo output
thermo 1000
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp v_minner
run 10000
unfix 1

# Store final cell length for strain calculations
variable tmp equal "lz"
variable L0 equal ${tmp}
print "Initial Length, L0: ${L0}"

######################################
# DEFORMATION
reset_timestep 0

fix 2 all nvt temp 300 300 0.1
#variable srate equal 1.0e10
#variable srate1 equal "v_srate / 1.0e12"
#fix 3 innertube deform 1 z erate ${srate1} units box remap x
velocity       innertube set  0.0 0.0 0.0 units box
fix          3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0
velocity       left set NULL NULL -0.001 sum yes units box
velocity       right set NULL NULL 0.001 sum yes units box

# Output strain and stress info to file
# for units metal, pressure is in [bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa]
# p2, p3, p4 are in GPa
variable strain equal "(lz - v_L0)/v_L0"
variable p1 equal "v_strain"
variable p2 equal "-pxx/10000"
variable p3 equal "-pyy/10000"
variable p4 equal "-pzz/10000"
fix def1 all print 100 "${p1} ${p2} ${p3} ${p4}" file Al_SC_100.def1.txt screen no

dump 1 all custom 1000 CNT.lammpstrj id type x y z fx fy fz
# Display thermo
thermo 1000
thermo_style custom step v_strain temp v_p2 v_p3 v_p4 ke pe press lz v_minner

run 20000
######################################
# SIMULATION DONE
print "All done"
输出的信息为：
Step strain Temp p2 p3 p4 KinEng PotEng Press Lz minner
   0 0.0037365905 3.8565238e-011  -0.42502796  -0.61388038 0.37445622 4.4814685e-012 -6865.2825 2214.8404 59.593997    29.99946
1000 0.0037365905 1.2198606e-008  -0.42500594  -0.61386409 0.37604147 1.4175375e-009 -6865.2821 2209.4285 59.593997    29.99946
2000 0.0037365905 2.4239662e-005  -0.42420524 -0.6132768 0.43592395 2.8167667e-006 -6865.267 2005.1936 59.593997    29.99946
3000 0.0037365905 0.10980239  -0.47745829  -0.67042215 3.2323895  0.012759572 -6856.8251 -6948.3635 59.593997    29.99946
4000 0.30985771 384.56638  -0.65840803  -0.77243865 0.06564382 44.688486 -6691.5308 4550.6762 77.769065    29.99946
5000 1.2320854 319.90647  -0.38637448  -0.45329122 0.15036334    37.17469 -6691.5308 2297.6746    132.5237    29.99946
6000 2.1906111 272.98051  -0.27029958  -0.31711315 0.16197403 31.721665 -6691.5308    1418.129 189.43343    29.99946
7000 3.1133352 286.53103  -0.20966461  -0.24597672 0.11292056 33.296301 -6691.5308 1142.4026 244.21755    29.99946
8000 4.0690343 320.44628  -0.17013514  -0.19960108  0.065799461 37.237418 -6691.5308 1013.1225 300.95945    29.99946
9000 4.9895184 309.95901  -0.14398835  -0.16892589  0.062447271 36.018747 -6691.5308 834.88989 355.61057    29.99946
10000 5.9472747 283.54833  -0.12413801  -0.14563764  0.068515467 32.949697 -6691.5308 670.86728 412.47462    29.99946
11000 6.8644522 291.22497  -0.10966064  -0.12865292  0.056756361    33.84176 -6691.5308 605.19065 466.92942    29.99946
12000 7.8198568 314.71927 -0.097781728  -0.11471668  0.040323854 36.571912 -6691.5308 573.91519 523.65384    29.99946
13000    8.740685 307.35174 -0.088538008  -0.10387203  0.039432058    35.71577 -6691.5308    509.9266 578.32539    29.99946
14000 9.6970053    287.0275 -0.080622643 -0.094585793  0.043242322 33.353993 -6691.5308 439.88705 635.10418    29.99946
15000 10.620286 293.17787 -0.074216834 -0.087070553  0.037763092 34.068696 -6691.5308 411.74765 689.92134    29.99946
16000 11.579521 312.15349 -0.068557526 -0.0804311 0.02905966 36.273756 -6691.5308 399.76322 746.87318    29.99946
17000 12.503847 305.95911 -0.063864825 -0.074925664  0.028841556 35.553938 -6691.5308 366.49644 801.75241    29.99946
18000    13.46276    288.895 -0.059630449  -0.06995793  0.031484535 33.571006 -6691.5308 327.01281 858.68509    29.99946
19000 14.386393 294.34889 -0.056050877 -0.065758407  0.028226033 34.204774 -6691.5308 311.94417 913.52322    29.99946
20000 15.344039 310.63194  -0.05276669 -0.061905427 0.02272578 36.096944 -6691.5308 306.48779 970.38071    29.99946
为什么应变的增量会这么大？感觉完全不受控制，改velocity z方向的值也没用？不知道我的in文件那个地方用错了，还请各位大神帮帮忙修改一下。

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1楼2016-03-07 10:05:45

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zsilence

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

fix 3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0 都不受力了还怎么拉

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2楼2016-03-07 14:39:35

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莽子大虾

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2楼: Originally posted by zsilence at 2016-03-07 14:39:35
fix 3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0 都不受力了还怎么拉

感谢，十分感谢，解决了，之前看到http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8144159&fpage=2&target=self&page=1这篇的例子才这么做的，一直在摸索········

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3楼2016-03-07 14:54:22

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莽子大虾

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2楼: Originally posted by zsilence at 2016-03-07 14:39:35
fix 3 innertube setforce 0.0 0.0 0.0 都不受力了还怎么拉

我用速度拉伸的话，该怎样以恒定的应变率拉呢？http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10042044&fpage=1

QQ截图20160307145501.png

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4楼2016-03-07 14:57:44

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莽子大虾

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3楼: Originally posted by 莽子大虾 at 2016-03-07 14:54:22
感谢，十分感谢，解决了，之前看到http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8144159&fpage=2&target=self&page=1这篇的例子才这么做的，一直在摸索········...

把改为
velocity       innertube set  0.0 0.0 0.0 units box
#fix          3 left setforce 0.0 0.0 0.0
#fix          4 right setforce 0.0 0.0 0.0
velocity       left set NULL NULL -0.1 sum yes units box
velocity       right set NULL NULL 0.1 sum yes units box
为什么应变怎么会这么小呢？我改动velocity的数值似乎没用，这是怎么回事？

Step strain Temp p2 p3 p4 KinEng PotEng Press Lz minner
   0 0.0037365905 0.0038565238  -0.42502796  -0.61388038 0.37444138 0.00044814685 -6865.2825 2214.8898 59.593997    29.99946
1000 0.0037365905 284.37426 0.23978752 0.57125905 0.62657315 33.045674 -6865.0364 -4792.0657 59.593997    29.99946
2000 0.0037365905 302.99376  0.071572352 0.11342766 0.14690747    35.20935 -6862.5855 -1106.3583 59.593997    29.99946
3000 0.0037171276 297.58155  -0.17787712  0.030186264 0.29168677 34.580426 -6865.312 -479.98638 59.592841    29.99946
4000 0.0043200369 303.25538 0.59755744 0.36189891 -0.011455075 35.239753 -6864.4173 -3160.0042 59.628637    29.99946
5000 0.0043200369 307.94803  -0.14460262  -0.29033949 -1.2121034 35.785061 -6862.4673 5490.1518 59.628637    29.99946
6000 0.0043200369 301.80396  -0.30820971 0.3851233 0.1714277    35.07109 -6864.8386 -827.80432 59.628637    29.99946
7000 0.0043200369 303.17895 -0.076739609  -0.49760344 0.68509204 35.230871 -6864.3999 -369.16328 59.628637    29.99946
8000 0.0043200369 317.90722 0.36779893 0.55008028  -0.80004836 36.942367 -6864.5275 -392.76949 59.628637    29.99946
9000 0.0027130066 300.53194 -0.065254924  0.067928936 -1.2040038 34.923275 -6863.4468 4004.4327 59.533225    29.99946
10000 0.0027130066 298.89136  -0.13221876  -0.62587856 0.34241733 34.732632 -6864.687    1385.6 59.533225    29.99946
11000 0.0027130066 303.44785  0.016913098  0.094358926 0.77752728 35.262118 -6864.1559 -2962.6643 59.533225    29.99946
12000 0.0027130066 304.03208  0.018532788  -0.50381756 -2.0742891 35.330009 -6864.2995 8531.9128 59.533225    29.99946
13000 0.0027130066    299.772  -0.41884535 0.33982194  0.036776661 34.834966 -6864.3927 140.82248 59.533225    29.99946
14000 0.0027130066 301.62532  0.004465525  -0.16639419 0.84286599 35.050331 -6862.7802 -2269.7911 59.533225    29.99946
15000 0.0027130066 299.86727 0.26553671 -0.2484156  -0.67666644 34.846037 -6863.7933 2198.4844 59.533225    29.99946
16000 0.0027130066 304.98419 0.23530371 0.76269506 -1.274533 35.440649 -6864.0606 921.78085 59.533225    29.99946
17000 0.0027130066    299.1875 0.61572605  -0.21651005 0.69418867 34.767045 -6862.7627 -3644.6822 59.533225    29.99946
18000 0.0027130066 288.31701 -0.091462742 0.52447732  0.078958952    33.50384 -6863.6644 -1706.5784 59.533225    29.99946
19000 0.0027130066 300.33962 0.08308128  -0.57057909 -1.1148319 34.900927 -6864.9965 5341.0991 59.533225    29.99946
20000 0.0027130066 295.83915 -0.068896458 0.53564447    1.364874    34.37795 -6863.3834 -6105.4068 59.533225    29.99946

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5楼2016-03-07 15:21:10

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