应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 菜鸟求助~关于基因序列的获取
111/2返回列表12下一页
查看: 1269  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pingjingduo

新虫 (初入文坛)

[求助] 菜鸟求助~关于基因序列的获取 已有1人参与

本人刚接触基因这一块，想做普通小球藻的某一基因的荧光定量pcr，但是我们这没有测序，ncbi上木有普通小球藻（Chlorella vulgari）的这一基因序列，有其他小球藻的，例如原始小球藻（Chlorella protothecoides），变形小球藻(chlorella variabilis)的基因序列。我是不是可以直接用这些序列设计引物做定量pcr，得出结果呢？如果不行的话，有什么方法可以获得这一基因呢，求详细的方案~请各位大神提供帮助~谢谢啦~~~~
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-01 19:48:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jackyoung

新虫 (正式写手)
回答是不能，建议是先通过同源克隆的方法弄出来，测序后重新设计引物。因为引物如果结合不好很影响定量结果。

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
CestLaVie
2楼2016-03-02 08:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

pingjingduo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:28:10
回答是不能，建议是先通过同源克隆的方法弄出来，测序后重新设计引物。因为引物如果结合不好很影响定量结果。

只有这种方法么，同源克隆是要用的race的方法吧，貌似那个试剂盒很贵，风险比较大呀，不知道老板会不会让我做呢
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-02 08:42:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 08:42:28
只有这种方法么，同源克隆是要用的race的方法吧，貌似那个试剂盒很贵，风险比较大呀，不知道老板会不会让我做呢...

怎么可能？你完全可以通过保守区PCR括增的方法弄出部分序列，然后再根据这段序列设计特异引物。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
CestLaVie
4楼2016-03-02 08:50:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pingjingduo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:50:43
怎么可能？你完全可以通过保守区PCR括增的方法弄出部分序列，然后再根据这段序列设计特异引物。
...

也就是说，我可以不用克隆出全长，得到部分序列就去做荧光定量pcr么？因为我是做一种毒物对这个基因的影响，不是很懂，不要介意哈……
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-02 08:57:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 08:57:07
也就是说，我可以不用克隆出全长，得到部分序列就去做荧光定量pcr么？因为我是做一种毒物对这个基因的影响，不是很懂，不要介意哈……...

显然是的，因为定量只能cover一小段。建议你一定要找关键的有代表性的区域（意思是能反映基因表达量的变化）。如此

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
CestLaVie
6楼2016-03-02 08:59:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pingjingduo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:59:19
显然是的，因为定量只能cover一小段。建议你一定要找关键的有代表性的区域（意思是能反映基因表达量的变化）。如此
...

哦哦哦，那这个关键的有代表性的区域该如何查找呢，有没有什么推荐的文献或者书籍？
赞一下 回复此楼
7楼2016-03-02 09:03:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 09:03:58
哦哦哦，那这个关键的有代表性的区域该如何查找呢，有没有什么推荐的文献或者书籍？...

再问我就跟你抢课题了，有些东西可以问，有些还是不能靠问的，得自己去动手动脑，这是规矩。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
CestLaVie
8楼2016-03-02 09:36:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pingjingduo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 09:36:11
再问我就跟你抢课题了，有些东西可以问，有些还是不能靠问的，得自己去动手动脑，这是规矩。
...

好吧，我只是有些疑惑。那现在的思路就是，同源克隆获得部分序列，再测序，重新设计引物。谢谢啦，我自己再好好琢磨。
赞一下 回复此楼
9楼2016-03-02 09:52:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lifechuteng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pingjingduo: 金币+15, ★★★很有帮助 2016-03-07 06:56:52
引用回帖:
9楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 09:52:44
好吧，我只是有些疑惑。那现在的思路就是，同源克隆获得部分序列，再测序，重新设计引物。谢谢啦，我自己再好好琢磨。...

我来继续帮你~把所有亲缘关系近的小球藻的这个基因序列全部得到，然后做多重比对，找到保守区域进行PCR引物设计，用这个引物去扩增，测序~
赞一下 回复此楼
10楼2016-03-03 18:56:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pingjingduo 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭