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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 菜鸟求助~关于基因序列的获取
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)

[求助] 菜鸟求助~关于基因序列的获取 已有1人参与

本人刚接触基因这一块，想做普通小球藻的某一基因的荧光定量pcr，但是我们这没有测序，ncbi上木有普通小球藻（Chlorella vulgari）的这一基因序列，有其他小球藻的，例如原始小球藻（Chlorella protothecoides），变形小球藻(chlorella variabilis)的基因序列。我是不是可以直接用这些序列设计引物做定量pcr，得出结果呢？如果不行的话，有什么方法可以获得这一基因呢，求详细的方案~请各位大神提供帮助~谢谢啦~~~~
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1楼 2016-03-01 19:48:26
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jackyoung

新虫 (正式写手)
回答是不能，建议是先通过同源克隆的方法弄出来，测序后重新设计引物。因为引物如果结合不好很影响定量结果。

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CestLaVie
2楼2016-03-02 08:28:10
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:28:10
回答是不能，建议是先通过同源克隆的方法弄出来，测序后重新设计引物。因为引物如果结合不好很影响定量结果。

只有这种方法么，同源克隆是要用的race的方法吧，貌似那个试剂盒很贵，风险比较大呀，不知道老板会不会让我做呢
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3楼2016-03-02 08:42:28
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jackyoung

新虫 (正式写手)
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3楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 08:42:28
只有这种方法么，同源克隆是要用的race的方法吧，貌似那个试剂盒很贵，风险比较大呀，不知道老板会不会让我做呢...

怎么可能？你完全可以通过保守区PCR括增的方法弄出部分序列，然后再根据这段序列设计特异引物。

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CestLaVie
4楼2016-03-02 08:50:43
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:50:43
怎么可能？你完全可以通过保守区PCR括增的方法弄出部分序列，然后再根据这段序列设计特异引物。
...

也就是说，我可以不用克隆出全长，得到部分序列就去做荧光定量pcr么？因为我是做一种毒物对这个基因的影响，不是很懂，不要介意哈……
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5楼2016-03-02 08:57:07
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jackyoung

新虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 08:57:07
也就是说，我可以不用克隆出全长，得到部分序列就去做荧光定量pcr么？因为我是做一种毒物对这个基因的影响，不是很懂，不要介意哈……...

显然是的，因为定量只能cover一小段。建议你一定要找关键的有代表性的区域（意思是能反映基因表达量的变化）。如此

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CestLaVie
6楼2016-03-02 08:59:19
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:59:19
显然是的，因为定量只能cover一小段。建议你一定要找关键的有代表性的区域（意思是能反映基因表达量的变化）。如此
...

哦哦哦，那这个关键的有代表性的区域该如何查找呢，有没有什么推荐的文献或者书籍？
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7楼2016-03-02 09:03:58
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jackyoung

新虫 (正式写手)
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7楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 09:03:58
哦哦哦，那这个关键的有代表性的区域该如何查找呢，有没有什么推荐的文献或者书籍？...

再问我就跟你抢课题了，有些东西可以问，有些还是不能靠问的，得自己去动手动脑，这是规矩。

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CestLaVie
8楼2016-03-02 09:36:11
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)
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8楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 09:36:11
再问我就跟你抢课题了，有些东西可以问，有些还是不能靠问的，得自己去动手动脑，这是规矩。
...

好吧，我只是有些疑惑。那现在的思路就是，同源克隆获得部分序列，再测序，重新设计引物。谢谢啦，我自己再好好琢磨。
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9楼2016-03-02 09:52:44
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pingjingduo: 金币+15, ★★★很有帮助 2016-03-07 06:56:52
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9楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 09:52:44
好吧，我只是有些疑惑。那现在的思路就是，同源克隆获得部分序列，再测序，重新设计引物。谢谢啦，我自己再好好琢磨。...

我来继续帮你~把所有亲缘关系近的小球藻的这个基因序列全部得到，然后做多重比对，找到保守区域进行PCR引物设计，用这个引物去扩增，测序~
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10楼2016-03-03 18:56:52
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