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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)

[求助] 菜鸟求助~关于基因序列的获取 已有1人参与

本人刚接触基因这一块,想做普通小球藻的某一基因的荧光定量pcr,但是我们这没有测序,ncbi上木有普通小球藻(Chlorella vulgari)的这一基因序列,有其他小球藻的,例如原始小球藻(Chlorella protothecoides),变形小球藻(chlorella variabilis)的基因序列。我是不是可以直接用这些序列设计引物做定量pcr,得出结果呢?如果不行的话,有什么方法可以获得这一基因呢,求详细的方案~请各位大神提供帮助~谢谢啦~~~~
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jackyoung

新虫 (正式写手)

回答是不能,建议是先通过同源克隆的方法弄出来,测序后重新设计引物。因为引物如果结合不好很影响定量结果。

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CestLaVie
2楼2016-03-02 08:28:10
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)

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2楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:28:10
回答是不能,建议是先通过同源克隆的方法弄出来,测序后重新设计引物。因为引物如果结合不好很影响定量结果。

只有这种方法么,同源克隆是要用的race的方法吧,貌似那个试剂盒很贵,风险比较大呀,不知道老板会不会让我做呢
3楼2016-03-02 08:42:28
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jackyoung

新虫 (正式写手)

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3楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 08:42:28
只有这种方法么,同源克隆是要用的race的方法吧,貌似那个试剂盒很贵,风险比较大呀,不知道老板会不会让我做呢...

怎么可能?你完全可以通过保守区PCR括增的方法弄出部分序列,然后再根据这段序列设计特异引物。

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CestLaVie
4楼2016-03-02 08:50:43
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)

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4楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:50:43
怎么可能?你完全可以通过保守区PCR括增的方法弄出部分序列,然后再根据这段序列设计特异引物。
...

也就是说,我可以不用克隆出全长,得到部分序列就去做荧光定量pcr么?因为我是做一种毒物对这个基因的影响,不是很懂,不要介意哈……
5楼2016-03-02 08:57:07
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jackyoung

新虫 (正式写手)

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5楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 08:57:07
也就是说,我可以不用克隆出全长,得到部分序列就去做荧光定量pcr么?因为我是做一种毒物对这个基因的影响,不是很懂,不要介意哈……...

显然是的,因为定量只能cover一小段。建议你一定要找关键的有代表性的区域(意思是能反映基因表达量的变化)。如此

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CestLaVie
6楼2016-03-02 08:59:19
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:59:19
显然是的,因为定量只能cover一小段。建议你一定要找关键的有代表性的区域(意思是能反映基因表达量的变化)。如此
...

哦哦哦,那这个关键的有代表性的区域该如何查找呢,有没有什么推荐的文献或者书籍?
7楼2016-03-02 09:03:58
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jackyoung

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 09:03:58
哦哦哦,那这个关键的有代表性的区域该如何查找呢,有没有什么推荐的文献或者书籍?...

再问我就跟你抢课题了,有些东西可以问,有些还是不能靠问的,得自己去动手动脑,这是规矩。

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CestLaVie
8楼2016-03-02 09:36:11
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pingjingduo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 09:36:11
再问我就跟你抢课题了,有些东西可以问,有些还是不能靠问的,得自己去动手动脑,这是规矩。
...

好吧,我只是有些疑惑。那现在的思路就是,同源克隆获得部分序列,再测序,重新设计引物。谢谢啦,我自己再好好琢磨。
9楼2016-03-02 09:52:44
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
pingjingduo: 金币+15, ★★★很有帮助 2016-03-07 06:56:52
引用回帖:
9楼: Originally posted by pingjingduo at 2016-03-02 09:52:44
好吧,我只是有些疑惑。那现在的思路就是,同源克隆获得部分序列,再测序,重新设计引物。谢谢啦,我自己再好好琢磨。...

我来继续帮你~把所有亲缘关系近的小球藻的这个基因序列全部得到,然后做多重比对,找到保守区域进行PCR引物设计,用这个引物去扩增,测序~
10楼2016-03-03 18:56:52
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