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flyer0505

银虫 (小有名气)

[交流] 有没有人做过聚合物和蛋白质的分子对接已有5人参与


我现在正在做聚合物与受体蛋白的相互作用研究。真是一个负复杂的过程,聚合物太大整体是不能进入结合位点的,只能考虑聚合物的某个片段结合到蛋白的活性位点部位,这是我研究的思路:因为聚合物链太长,考虑到蛋白质活性位点的空间几何结构,本人将聚合物切断为几个不同的片段(每个片段是不同的小分子),分别将它们对接到受体蛋白的结合位点,然后比较每个片段的得分(亲和力大小),得分大的则认为这个片段会优先结合到受体蛋白的口袋里面,聚合物的其他片段则没有进入到口袋里面。不知道这样设计可不可行,请大家帮帮忙。
另外,是否有研究聚合物与受体蛋白相互作用的对接软件?
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biodrug

银虫 (小有名气)


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利用蛋白酰肼连接反应,可以将很多蛋白连接到聚(精氨酸赖氨酸)上
聚乙二醇PEG是越用性能越差的一种修饰物,accelerated blood clearance,不可生物降解,国内出现了替代产品
6 branched poly(Arg, epsilon-Lys) hydrochloride
比树枝状聚合物更有前途,因为没细胞毒性
11楼2021-03-02 17:44:15
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螺旋藻

木虫 (正式写手)


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同问,没有看到类似文献。
3楼2016-03-03 23:24:55
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螺旋藻

木虫 (正式写手)


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gromacs 听说能用,可以试试。我也是问论坛大神的,完全不懂
4楼2016-03-03 23:58:21
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earth

木虫 (小有名气)


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你的想法可以通过实验验证。比如分别合成片段分子,通过SPR,ITC等生物物理方法去验证哪个片段与蛋白互作,回过头来做模拟更合适。
5楼2016-03-06 12:37:28
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