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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 有没有人做过聚合物和蛋白质的分子对接
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flyer0505

银虫 (小有名气)

[交流] 有没有人做过聚合物和蛋白质的分子对接 已有5人参与


我现在正在做聚合物与受体蛋白的相互作用研究。真是一个负复杂的过程，聚合物太大整体是不能进入结合位点的，只能考虑聚合物的某个片段结合到蛋白的活性位点部位，这是我研究的思路:因为聚合物链太长,考虑到蛋白质活性位点的空间几何结构，本人将聚合物切断为几个不同的片段（每个片段是不同的小分子），分别将它们对接到受体蛋白的结合位点，然后比较每个片段的得分（亲和力大小），得分大的则认为这个片段会优先结合到受体蛋白的口袋里面，聚合物的其他片段则没有进入到口袋里面。不知道这样设计可不可行，请大家帮帮忙。
另外，是否有研究聚合物与受体蛋白相互作用的对接软件？
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1楼 2016-03-01 17:11:18
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flyer0505

银虫 (小有名气)
自己顶顶
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2楼2016-03-03 09:28:34
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螺旋藻

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同问，没有看到类似文献。
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3楼2016-03-03 23:24:55
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螺旋藻

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gromacs 听说能用，可以试试。我也是问论坛大神的，完全不懂
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4楼2016-03-03 23:58:21
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earth

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你的想法可以通过实验验证。比如分别合成片段分子，通过SPR，ITC等生物物理方法去验证哪个片段与蛋白互作，回过头来做模拟更合适。
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5楼2016-03-06 12:37:28
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
HEX、ZDOCK等均可以做蛋白-蛋白对接
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6楼2016-03-07 09:44:37
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flyer0505

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 螺旋藻 at 2016-03-03 23:24:55
同问，没有看到类似文献。

文献我也没看到过
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7楼2016-03-07 16:23:42
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flyer0505

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 螺旋藻 at 2016-03-03 23:58:21
gromacs 听说能用，可以试试。我也是问论坛大神的，完全不懂

gromacs是分子动力学软件，我知道可以用于聚合物的动力学研究，但是用其做聚合物与蛋白的对接没听说过
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8楼2016-03-07 16:25:40
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flyer0505

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by autodockytu at 2016-03-07 09:44:37
HEX、ZDOCK等均可以做蛋白-蛋白对接

我不做蛋白质的对接，做的是聚了物（polymer）与蛋白质的相互作用，还是感谢您回答。
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9楼2016-03-07 16:27:41
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
★
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聚合物也算是和蛋白一样的大分子了。所以应该也可以用那两个软件。

发自小木虫Android客户端
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mgfudan
10楼2016-03-07 16:56:47
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