应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用NAMD跑一个蛋白和配体的动力学，怎么限制小分子呢
152/2返回列表上一页12
查看: 1972  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

po390

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by qiulinqiong at 2016-03-02 18:17:02
谢谢，我是用pdb在charmmgui上直接生成的各种MD输入文件，因为是想验证小分子可以诱导蛋白的某些运动，所以想固定小分子的位置，查看蛋白的运动情况，我之前没限制，结果跑了20ns小分子就跑出体系了
...

这样啊，这个感觉是在研究小分子和蛋白之间的相互作用。我认为不需要将小分子固定，我之前的处理方法是将水分子厚度扩大，蛋白和配体分子放在水盒子中央，水分子层的厚度尽量比cutoff的值大，我在这种情况下，跑了50ns，配体分子也没有跑出体系之外。但我那个体系蛋白本身和配体分子之间存在相互吸引的作用，所以我不了解是否当蛋白和配体分子之间存在排斥作用时会是怎样一种情况，我感觉可能需要将水分子层设置的更大些。

想请教的是，charmm-gui可以生成amber的crd文件、top文件以及需要的配置文件（sander的in文件）吗？我一直只是拿charmm-gui做一些简单的pdb文件处理而已。。。。
赞一下 回复此楼
11楼2016-03-02 19:16:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiulinqiong

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
12楼2016-03-02 19:37:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwnail2003

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
13楼2016-03-03 08:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiulinqiong

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
14楼2016-03-03 11:02:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by qiulinqiong at 2016-03-03 11:02:00
charmmgui有专门生成用amber跑动力学的文件，有crd文件，有in文件，有rest文件，没有看到prmtop文件，但有psf文件
...

好的，太感谢了！我再找时间研究下，之前没在意charmm-gui还有这个功能！
赞一下 回复此楼
15楼2016-03-04 09:40:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qiulinqiong 的主题更新
152/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 7/350 2026-11-14 22:44 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:20 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 20:11 by KXypaGgBBlw7
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 SX5mJmPWDfOO 2026-11-13 3/150 2026-11-14 13:46 by KXypaGgBBlw7
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1Nb0IVlmV6v0 2026-11-11 4/200 2026-11-13 11:18 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:26 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:33 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:31 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:20 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:09 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:38 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭