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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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qiulinqiong

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qiulinqiong

禁虫 (正式写手)

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10楼2016-03-02 18:17:02
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看看 NAMD 官网上的 碳管中的水分子的教程,着重看一下对碳管的处理,你就懂了!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
7楼2016-03-02 08:11:58
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qiulinqiong

禁虫 (正式写手)

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8楼2016-03-02 09:10:13
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po390

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也是分子模拟小白,题主给的信息我分析不出太多。题主是用ambertools生成的crd和top文件在namd下模拟,还是只用在charmm力场文件格式下的amber力场参数文件?

对配体进行怎样的限制?是固定位置,在模拟过程中不动的话,参考楼上的建议就可以了。但如果是把配体限制在一定范围内,需要看下Harmonic restraint parameters的设置,或者用tclforce也可以,但个人感觉都不是很方便,在这方面,Gromacs的操作要比NAMD方便很多。
9楼2016-03-02 16:06:39
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