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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用NAMD跑一个蛋白和配体的动力学，怎么限制小分子呢
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qiulinqiong

禁虫 (正式写手)
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1楼 2016-03-01 11:21:37
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po390

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by qiulinqiong at 2016-03-03 11:02:00
charmmgui有专门生成用amber跑动力学的文件，有crd文件，有in文件，有rest文件，没有看到prmtop文件，但有psf文件
...

好的，太感谢了！我再找时间研究下，之前没在意charmm-gui还有这个功能！
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15楼2016-03-04 09:40:05
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看 NAMD 官网上的 碳管中的水分子的教程，着重看一下对碳管的处理，你就懂了！
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
7楼2016-03-02 08:11:58
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qiulinqiong

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
8楼2016-03-02 09:10:13
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po390

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也是分子模拟小白，题主给的信息我分析不出太多。题主是用ambertools生成的crd和top文件在namd下模拟，还是只用在charmm力场文件格式下的amber力场参数文件？

对配体进行怎样的限制？是固定位置，在模拟过程中不动的话，参考楼上的建议就可以了。但如果是把配体限制在一定范围内，需要看下Harmonic restraint parameters的设置，或者用tclforce也可以，但个人感觉都不是很方便，在这方面，Gromacs的操作要比NAMD方便很多。
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9楼2016-03-02 16:06:39
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