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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用NAMD跑一个蛋白和配体的动力学，怎么限制小分子呢
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qiulinqiong

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1楼 2016-03-01 11:21:37
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po390

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引用回帖:
10楼: Originally posted by qiulinqiong at 2016-03-02 18:17:02
谢谢，我是用pdb在charmmgui上直接生成的各种MD输入文件，因为是想验证小分子可以诱导蛋白的某些运动，所以想固定小分子的位置，查看蛋白的运动情况，我之前没限制，结果跑了20ns小分子就跑出体系了
...

这样啊，这个感觉是在研究小分子和蛋白之间的相互作用。我认为不需要将小分子固定，我之前的处理方法是将水分子厚度扩大，蛋白和配体分子放在水盒子中央，水分子层的厚度尽量比cutoff的值大，我在这种情况下，跑了50ns，配体分子也没有跑出体系之外。但我那个体系蛋白本身和配体分子之间存在相互吸引的作用，所以我不了解是否当蛋白和配体分子之间存在排斥作用时会是怎样一种情况，我感觉可能需要将水分子层设置的更大些。

想请教的是，charmm-gui可以生成amber的crd文件、top文件以及需要的配置文件（sander的in文件）吗？我一直只是拿charmm-gui做一些简单的pdb文件处理而已。。。。
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11楼2016-03-02 19:16:53
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看 NAMD 官网上的 碳管中的水分子的教程，着重看一下对碳管的处理，你就懂了！
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
7楼2016-03-02 08:11:58
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qiulinqiong

禁虫 (正式写手)
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8楼2016-03-02 09:10:13
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po390

金虫 (小有名气)
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我也是分子模拟小白，题主给的信息我分析不出太多。题主是用ambertools生成的crd和top文件在namd下模拟，还是只用在charmm力场文件格式下的amber力场参数文件？

对配体进行怎样的限制？是固定位置，在模拟过程中不动的话，参考楼上的建议就可以了。但如果是把配体限制在一定范围内，需要看下Harmonic restraint parameters的设置，或者用tclforce也可以，但个人感觉都不是很方便，在这方面，Gromacs的操作要比NAMD方便很多。
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9楼2016-03-02 16:06:39
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