应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps里关于neighbor的设置
111/2返回列表12下一页
查看: 3438  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)

[求助] Lammps里关于neighbor的设置 已有3人参与

大家好，请教大家一个问题，我做的是填料/高分子材料的导热模拟，在lammps计算的后面报出这样一个错误：ERROR on proc 3: Bond atoms 1050 1066 missing on proc 3 at step 351636 (../neigh_bond.cpp:55)
这是我的in文件，我想请教一下，这个neighbor该怎么改！还是有其他的问题？谢谢各位了！
boundary    p p p     #边界周期性设定，周期性、周期性、周期性
units       real      #模型单元模式设定为real
dimension   3       #几何维度设定为3D
atom_style  full      #原子模式设定为full
neighbor    2.0 bin   #设定neighbor截断半径-力场截断半径（类似MS中Buffer width）
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

LAMMPS

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
不多说，静看
1楼 2016-02-29 22:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stormlike at 2016-03-02 16:54:00
1,检查data文件是不是没有设置这个bond
2,检查初始构型中原子间距离是否过小导致系统已崩溃

我在定义原子结构的时候，有bond_style      class2   ，你的这个bond是什么意思，可以详细一点吗？另外系统奔溃是什么意思？不是单纯的Error或者Warning吗？
赞一下(1人) 回复此楼
不多说，静看
9楼2016-03-03 15:10:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
很有可能，问题不在neighbor设置上。
好好平衡一下体系。（先体系势能最小化一下）
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-01 02:01:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-01 02:01:00
很有可能，问题不在neighbor设置上。
好好平衡一下体系。（先体系势能最小化一下）

在跑动力学平衡之前，有做过能量最小化！理论上，不应该啊！
赞一下 回复此楼
不多说，静看
3楼2016-03-01 09:07:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题应该不会是 neighbor 的问题吧
你的错误提示不是显示的neigh_bond 的问题吗？没有这行设置的命令吗？
(../neigh_bond.cpp:55)
赞一下 回复此楼
if I rest,I rust!
4楼2016-03-01 19:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 毛毛看家 at 2016-02-29 19:07:30
在跑动力学平衡之前，有做过能量最小化！理论上，不应该啊！...

理论上该不该，不能断定！
如果你觉得模型任何设置都是正确的话，先用小时间步跑一下。
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-01 23:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 影子政 at 2016-03-01 19:45:05
问题应该不会是 neighbor 的问题吧
你的错误提示不是显示的neigh_bond 的问题吗？没有这行设置的命令吗？
(../neigh_bond.cpp:55)

我看的manual或者别人的in文件，关于模拟环境的初始化设置里，neighbor的设置都是很简单的，就没有看到过有neigh_bond的设置，这也可以设置？可能这一块我学的不认真吧，你能帮我简单写一下这一条的命令吗？
赞一下 回复此楼
不多说，静看
6楼2016-03-02 10:42:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-01 23:46:23
理论上该不该，不能断定！
如果你觉得模型任何设置都是正确的话，先用小时间步跑一下。...

嗯，也是！
回复此楼
不多说，静看
7楼2016-03-02 10:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stormlike

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1,检查data文件是不是没有设置这个bond
2,检查初始构型中原子间距离是否过小导致系统已崩溃
赞一下 回复此楼
8楼2016-03-02 16:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustli2014

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 毛毛看家 at 2016-03-03 15:10:10
我在定义原子结构的时候，有bond_style      class2   ，你的这个bond是什么意思，可以详细一点吗？另外系统奔溃是什么意思？不是单纯的Error或者Warning吗？...

你好。不知您是否解决这个问题了。我现在也是出现这个问题，。望指导。谢谢
赞一下 回复此楼
10楼2016-05-13 16:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 毛毛看家 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:16 by ruiyingmiao
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 6/300 2026-03-17 17:13 by 生物工程调剂
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +9 柴郡猫_ 2026-03-12 9/450 2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 304求调剂 +7 小熊joy 2026-03-14 7/350 2026-03-17 08:53 by 雾散后相遇lc
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 大连大学化学专业研究生调剂 +3 琪久. 2026-03-10 8/400 2026-03-11 10:02 by 琪久.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭