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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps里关于neighbor的设置
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毛毛看家

铜虫 (初入文坛)

[求助] Lammps里关于neighbor的设置 已有3人参与

大家好，请教大家一个问题，我做的是填料/高分子材料的导热模拟，在lammps计算的后面报出这样一个错误：ERROR on proc 3: Bond atoms 1050 1066 missing on proc 3 at step 351636 (../neigh_bond.cpp:55)
这是我的in文件，我想请教一下，这个neighbor该怎么改！还是有其他的问题？谢谢各位了！
boundary    p p p     #边界周期性设定，周期性、周期性、周期性
units       real      #模型单元模式设定为real
dimension   3       #几何维度设定为3D
atom_style  full      #原子模式设定为full
neighbor    2.0 bin   #设定neighbor截断半径-力场截断半径（类似MS中Buffer width）
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
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不多说，静看
1楼 2016-02-29 22:20:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stormlike at 2016-03-02 16:54:00
1,检查data文件是不是没有设置这个bond
2,检查初始构型中原子间距离是否过小导致系统已崩溃

我在定义原子结构的时候，有bond_style      class2   ，你的这个bond是什么意思，可以详细一点吗？另外系统奔溃是什么意思？不是单纯的Error或者Warning吗？
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不多说，静看
9楼2016-03-03 15:10:10
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普通回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
很有可能，问题不在neighbor设置上。
好好平衡一下体系。（先体系势能最小化一下）
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2楼2016-03-01 02:01:00
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毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-01 02:01:00
很有可能，问题不在neighbor设置上。
好好平衡一下体系。（先体系势能最小化一下）

在跑动力学平衡之前，有做过能量最小化！理论上，不应该啊！
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不多说，静看
3楼2016-03-01 09:07:30
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影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题应该不会是 neighbor 的问题吧
你的错误提示不是显示的neigh_bond 的问题吗？没有这行设置的命令吗？
(../neigh_bond.cpp:55)
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if I rest,I rust!
4楼2016-03-01 19:45:05
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 毛毛看家 at 2016-02-29 19:07:30
在跑动力学平衡之前，有做过能量最小化！理论上，不应该啊！...

理论上该不该，不能断定！
如果你觉得模型任何设置都是正确的话，先用小时间步跑一下。
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5楼2016-03-01 23:46:23
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毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 影子政 at 2016-03-01 19:45:05
问题应该不会是 neighbor 的问题吧
你的错误提示不是显示的neigh_bond 的问题吗？没有这行设置的命令吗？
(../neigh_bond.cpp:55)

我看的manual或者别人的in文件，关于模拟环境的初始化设置里，neighbor的设置都是很简单的，就没有看到过有neigh_bond的设置，这也可以设置？可能这一块我学的不认真吧，你能帮我简单写一下这一条的命令吗？
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不多说，静看
6楼2016-03-02 10:42:42
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毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-01 23:46:23
理论上该不该，不能断定！
如果你觉得模型任何设置都是正确的话，先用小时间步跑一下。...

嗯，也是！
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不多说，静看
7楼2016-03-02 10:44:24
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stormlike

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1,检查data文件是不是没有设置这个bond
2,检查初始构型中原子间距离是否过小导致系统已崩溃
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8楼2016-03-02 16:54:00
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hustli2014

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 毛毛看家 at 2016-03-03 15:10:10
我在定义原子结构的时候，有bond_style      class2   ，你的这个bond是什么意思，可以详细一点吗？另外系统奔溃是什么意思？不是单纯的Error或者Warning吗？...

你好。不知您是否解决这个问题了。我现在也是出现这个问题，。望指导。谢谢
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10楼2016-05-13 16:42:14
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