应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps里关于neighbor的设置
111/2返回列表12下一页
查看: 3849  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)

[求助] Lammps里关于neighbor的设置 已有3人参与

大家好，请教大家一个问题，我做的是填料/高分子材料的导热模拟，在lammps计算的后面报出这样一个错误：ERROR on proc 3: Bond atoms 1050 1066 missing on proc 3 at step 351636 (../neigh_bond.cpp:55)
这是我的in文件，我想请教一下，这个neighbor该怎么改！还是有其他的问题？谢谢各位了！
boundary    p p p     #边界周期性设定，周期性、周期性、周期性
units       real      #模型单元模式设定为real
dimension   3       #几何维度设定为3D
atom_style  full      #原子模式设定为full
neighbor    2.0 bin   #设定neighbor截断半径-力场截断半径（类似MS中Buffer width）
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

LAMMPS

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
不多说，静看
1楼 2016-02-29 22:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stormlike at 2016-03-02 16:54:00
1,检查data文件是不是没有设置这个bond
2,检查初始构型中原子间距离是否过小导致系统已崩溃

我在定义原子结构的时候，有bond_style      class2   ，你的这个bond是什么意思，可以详细一点吗？另外系统奔溃是什么意思？不是单纯的Error或者Warning吗？
赞一下(1人) 回复此楼
不多说，静看
9楼2016-03-03 15:10:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
很有可能，问题不在neighbor设置上。
好好平衡一下体系。（先体系势能最小化一下）
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-01 02:01:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-01 02:01:00
很有可能，问题不在neighbor设置上。
好好平衡一下体系。（先体系势能最小化一下）

在跑动力学平衡之前，有做过能量最小化！理论上，不应该啊！
赞一下 回复此楼
不多说，静看
3楼2016-03-01 09:07:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题应该不会是 neighbor 的问题吧
你的错误提示不是显示的neigh_bond 的问题吗？没有这行设置的命令吗？
(../neigh_bond.cpp:55)
赞一下 回复此楼
if I rest,I rust!
4楼2016-03-01 19:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 毛毛看家 at 2016-02-29 19:07:30
在跑动力学平衡之前，有做过能量最小化！理论上，不应该啊！...

理论上该不该，不能断定！
如果你觉得模型任何设置都是正确的话，先用小时间步跑一下。
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-01 23:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 影子政 at 2016-03-01 19:45:05
问题应该不会是 neighbor 的问题吧
你的错误提示不是显示的neigh_bond 的问题吗？没有这行设置的命令吗？
(../neigh_bond.cpp:55)

我看的manual或者别人的in文件，关于模拟环境的初始化设置里，neighbor的设置都是很简单的，就没有看到过有neigh_bond的设置，这也可以设置？可能这一块我学的不认真吧，你能帮我简单写一下这一条的命令吗？
赞一下 回复此楼
不多说，静看
6楼2016-03-02 10:42:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛看家

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-01 23:46:23
理论上该不该，不能断定！
如果你觉得模型任何设置都是正确的话，先用小时间步跑一下。...

嗯，也是！
回复此楼
不多说，静看
7楼2016-03-02 10:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stormlike

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1,检查data文件是不是没有设置这个bond
2,检查初始构型中原子间距离是否过小导致系统已崩溃
赞一下 回复此楼
8楼2016-03-02 16:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustli2014

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 毛毛看家 at 2016-03-03 15:10:10
我在定义原子结构的时候，有bond_style      class2   ，你的这个bond是什么意思，可以详细一点吗？另外系统奔溃是什么意思？不是单纯的Error或者Warning吗？...

你好。不知您是否解决这个问题了。我现在也是出现这个问题，。望指导。谢谢
赞一下 回复此楼
10楼2016-05-13 16:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 毛毛看家 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗？ 200+5 David1982 2026-10-13 8/400 2026-10-14 21:38 by lhw_GPA4.0
[职场人生] 40+中年人失业后，还能找到好工作吗？ +3 xqy2009 2026-10-13 3/150 2026-10-14 20:17 by 43358052
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭