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a632470449

新虫 (初入文坛)

[交流] 用Autodock时出现error:unknown receptor type:"Cu" 已有3人参与

如题。
我的蛋白受体里有Cu离子,参数文件用的是官网下载的新版文件,里面有铜离子的参数:
atom_par Cu     3.50  0.005  12.000   -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  1  # Non H-bonding
但是对接时就出错了。
本来觉得可能是参数有问题,但是当我换回旧版的参数文件(没有铜离子参数的),同时把里面的某一个离子名称改成Cu,再对接也是出现同一个error

究竟是什么原因呢?会不会是对接含有铜离子的受体时还要输入特别的命令,或还有其它的必要步骤?
求指教
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a632470449

新虫 (初入文坛)

顶一下
2楼2016-03-02 09:59:39
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
需要增加金属离子CU的参数,然后需要调用指令
3楼2016-03-03 09:28:16
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a632470449

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数,然后需要调用指令

你好,请问需要什么调用指令呢?
谢谢啊!
4楼2016-03-03 15:17:19
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waltq

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,请加一下,跑完autodock4,提示缺少hsg1_rigid.HD.map文件,这个文件是怎么生成的,请指点一下,谢谢。
waltq
5楼2016-03-05 16:29:28
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a632470449

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数,然后需要调用指令

你好,你之前回复我的内容,请问是否能再具体一点呢?谢谢了!
6楼2016-03-17 14:26:12
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lcc0972

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by a632470449 at 2016-03-17 14:26:12
你好,你之前回复我的内容,请问是否能再具体一点呢?谢谢了!...

楼主 我进行对接的蛋白分子也含有铜离子 请问你的问题解决了吗   还有你的参数文件是在哪里下载的呢 能否给个网址
7楼2016-03-24 12:53:16
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