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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用Autodock时出现error:unknown receptor type:"Cu"
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a632470449

新虫 (初入文坛)

[交流] 用Autodock时出现error:unknown receptor type:"Cu" 已有3人参与

如题。
我的蛋白受体里有Cu离子，参数文件用的是官网下载的新版文件，里面有铜离子的参数：
atom_par Cu     3.50  0.005  12.000   -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  1  # Non H-bonding
但是对接时就出错了。
本来觉得可能是参数有问题，但是当我换回旧版的参数文件（没有铜离子参数的），同时把里面的某一个离子名称改成Cu,再对接也是出现同一个error

究竟是什么原因呢？会不会是对接含有铜离子的受体时还要输入特别的命令，或还有其它的必要步骤？
求指教
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1楼 2016-02-29 21:50:56
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a632470449

新虫 (初入文坛)
顶一下
2楼2016-03-02 09:59:39
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
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需要增加金属离子CU的参数，然后需要调用指令
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3楼2016-03-03 09:28:16
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a632470449

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数，然后需要调用指令

你好，请问需要什么调用指令呢？
谢谢啊！
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4楼2016-03-03 15:17:19
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waltq

木虫 (正式写手)
★
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楼主，请加一下，跑完autodock4，提示缺少hsg1_rigid.HD.map文件，这个文件是怎么生成的，请指点一下，谢谢。
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waltq
5楼2016-03-05 16:29:28
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a632470449

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数，然后需要调用指令

你好，你之前回复我的内容，请问是否能再具体一点呢？谢谢了！
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6楼2016-03-17 14:26:12
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lcc0972

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by a632470449 at 2016-03-17 14:26:12
你好，你之前回复我的内容，请问是否能再具体一点呢？谢谢了！...

楼主 我进行对接的蛋白分子也含有铜离子 请问你的问题解决了吗   还有你的参数文件是在哪里下载的呢 能否给个网址
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7楼2016-03-24 12:53:16
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