应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用Autodock时出现error:unknown receptor type:"Cu"
71/1返回列表
查看: 1952  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

a632470449

新虫 (初入文坛)

[交流] 用Autodock时出现error:unknown receptor type:"Cu" 已有3人参与

如题。
我的蛋白受体里有Cu离子，参数文件用的是官网下载的新版文件，里面有铜离子的参数：
atom_par Cu     3.50  0.005  12.000   -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  1  # Non H-bonding
但是对接时就出错了。
本来觉得可能是参数有问题，但是当我换回旧版的参数文件（没有铜离子参数的），同时把里面的某一个离子名称改成Cu,再对接也是出现同一个error

究竟是什么原因呢？会不会是对接含有铜离子的受体时还要输入特别的命令，或还有其它的必要步骤？
求指教
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-02-29 21:50:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a632470449

新虫 (初入文坛)
顶一下
2楼2016-03-02 09:59:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
需要增加金属离子CU的参数，然后需要调用指令
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-03 09:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a632470449

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数，然后需要调用指令

你好，请问需要什么调用指令呢？
谢谢啊！
赞一下 回复此楼
4楼2016-03-03 15:17:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waltq

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，请加一下，跑完autodock4，提示缺少hsg1_rigid.HD.map文件，这个文件是怎么生成的，请指点一下，谢谢。
赞一下 回复此楼
waltq
5楼2016-03-05 16:29:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a632470449

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数，然后需要调用指令

你好，你之前回复我的内容，请问是否能再具体一点呢？谢谢了！
赞一下 回复此楼
6楼2016-03-17 14:26:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lcc0972

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by a632470449 at 2016-03-17 14:26:12
你好，你之前回复我的内容，请问是否能再具体一点呢？谢谢了！...

楼主 我进行对接的蛋白分子也含有铜离子 请问你的问题解决了吗   还有你的参数文件是在哪里下载的呢 能否给个网址
赞一下 回复此楼
7楼2016-03-24 12:53:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 a632470449 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-15 00:35 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 7/350 2026-11-14 22:44 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 6/300 2026-11-14 08:59 by dHydBGAkDh6v
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 6/300 2026-11-12 12:42 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:20 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:11 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:09 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:53 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 4/200 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭