24小时热门版块排行榜    

查看: 1956  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

a632470449

新虫 (初入文坛)

[交流] 用Autodock时出现error:unknown receptor type:"Cu" 已有3人参与

如题。
我的蛋白受体里有Cu离子,参数文件用的是官网下载的新版文件,里面有铜离子的参数:
atom_par Cu     3.50  0.005  12.000   -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  1  # Non H-bonding
但是对接时就出错了。
本来觉得可能是参数有问题,但是当我换回旧版的参数文件(没有铜离子参数的),同时把里面的某一个离子名称改成Cu,再对接也是出现同一个error

究竟是什么原因呢?会不会是对接含有铜离子的受体时还要输入特别的命令,或还有其它的必要步骤?
求指教
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lcc0972

新虫 (初入文坛)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by a632470449 at 2016-03-17 14:26:12
你好,你之前回复我的内容,请问是否能再具体一点呢?谢谢了!...

楼主 我进行对接的蛋白分子也含有铜离子 请问你的问题解决了吗   还有你的参数文件是在哪里下载的呢 能否给个网址
7楼2016-03-24 12:53:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
需要增加金属离子CU的参数,然后需要调用指令
3楼2016-03-03 09:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a632470449

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2016-03-03 09:28:16
需要增加金属离子CU的参数,然后需要调用指令

你好,请问需要什么调用指令呢?
谢谢啊!
4楼2016-03-03 15:17:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waltq

木虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,请加一下,跑完autodock4,提示缺少hsg1_rigid.HD.map文件,这个文件是怎么生成的,请指点一下,谢谢。
waltq
5楼2016-03-05 16:29:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:32 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:10 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:20 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 16:09 by KXypaGgBBlw7
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-14 12:51 by KXypaGgBBlw7
[考博] 考博求助 10+3 社会实践对别 2026-11-08 3/150 2026-11-13 14:04 by 沐小虫252
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:13 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:20 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:14 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 3/150 2026-11-12 08:26 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 5/250 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:25 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
信息提示
请填处理意见