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prthefu

木虫 (著名写手)

[求助] 跑胶条带中,marker清晰但目的条带不够亮已有4人参与

把PCR产物进行电泳后,对1%Agarose和1.5%Agarose两个浓度下的条带图谱有小疑惑。
希望能有人帮忙解答:
    下面电泳图谱中,左、右边分别为1%和1.5%Agarose的电泳图,其中1%的目的条带很亮,右边的Marker条带较为模糊;但是在1.5%Agarose的电泳图中,Marker条带清晰,目的条带却不如之前的亮,所以我现在不太确定,到底是选择哪个浓度做。
    再说明一下,我后面对PCR产物进行连接转化,所以,我是选择目的条带亮的还是Marker条带清晰的呢?

跑胶条带中,marker清晰但目的条带不够亮
1%和1.5%Agarose电泳图.jpg.JPG
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原海亮

木虫 (著名写手)

首先高浓度的胶对于片段的分离效果较好,特别是小片段的分离,所以相对来讲你的高浓度的marker条带分离较好,同时高浓度胶对于染色效果也是有点影响的,所以整体条带亮度不高也正常;其次,目的条带的亮度问题,如果你是同一样品点了不同胶,那么不用考虑那么多,本身你胶的制备,胶的厚度,染色效果,上样量都会有误差,这个亮度差异没有什么指导意义,并且对你回收目的条带没有影响。最后,无论是做载体酶切回收还是pcr回收,都尽量获得高浓度的产物来进行,毕竟胶回收的过程会有一部分目的片段损失,祝好!

发自小木虫Android客户端
天空才是极限,我有信心飞的更高!
12楼2016-02-28 10:32:38
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mr.clutch

新虫 (小有名气)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-02-28 10:09:14
胶浓度并不能给你后续实验造成实质性影响啊!1%或1.5%都可以进行胶回收,关键是你的目的产物要达到足够的量才能保证你胶回收或者PCR纯化之后得到足够浓度的目的产物以满足后续连接之需

发自小木虫Android客户端
2楼2016-02-26 00:39:22
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管昌红

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mr.clutch at 2016-02-26 00:39:22
胶浓度并不能给你后续实验造成实质性影响啊!1%或1.5%都可以进行胶回收,关键是你的目的产物要达到足够的量才能保证你胶回收或者PCR纯化之后得到足够浓度的目的产物以满足后续连接之需
...

我回收前很亮 回收后为啥不亮了呢!洗脱了两次

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-02-26 01:36:26
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mr.clutch at 2016-02-26 00:39:22
胶浓度并不能给你后续实验造成实质性影响啊!1%或1.5%都可以进行胶回收,关键是你的目的产物要达到足够的量才能保证你胶回收或者PCR纯化之后得到足够浓度的目的产物以满足后续连接之需
...

再重复做1%Agarose跑胶,发现同样的条件,目的条带跑出的比如之前的亮,如果做胶回收,是不是要求目的条带要足够亮,而且,我还想问,做胶用的是那种大孔胶,上样量应该是多少啊,还有,在切胶时,都需要注意上么啊
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4楼2016-02-26 09:19:46
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