帖子
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 站内搜索
1391/6123456下一页
显示全部
分类 共搜索到 139 个相关话题(最多显示前5000个) 作者 最后发表
分子模拟 金属离子与化合物分子对接
求助，想用金属离子和天然化合物做autodock的分子对接，我用金属离子作为受体，天然化合物作为配体，一直到autogrid4-pgrid.gpf-lgrid_final.glg都能跑通并形成相关的map文件，但是一直在...
 烦呀烦呀 2026-01-30 02:27
分子模拟 分子对接出现问题
分子对接：autodock运行到runautogrid时一闪而过，同时出现autogrid4:ERROR:ToomanyatomsinreceptorPDBQTfile3etr.pdbqt;autogrid4:ERROR:themaximumnumberofatoms,AG_MAX_ATOMS,allowedis...
 Justion丶 2023-02-28 07:10
分子模拟 请教各位前辈，autodock分析dlg文件打不开的问题
各位前辈，我在做蛋白与配体相互作用研究中，进行了分子对接操作，现在已经把autogrid和autodock都做完了，但是分析时打开dlg文件却不能打开啊，这个问题困扰我好久了，希望得到前辈的指导...
 化学小朋友1 2023-02-28 02:31
分子生物 运行autogrid时出现错误，求帮助
在Run-Runautogrid之后出现如下错误，请问该怎么解决，谢谢，谢谢D:/Doctor/dock/394/WORK/autogrid4.exe:ERROR:Griddatafileneedstheextension".fld"forAVSinput请各位帮帮忙，最近在做...
 萍萍1234 2022-10-05 03:36
资源求助 AutoGrid5软件安装包
AutoGrid5软件安装包求助
 小傻逼王重凯 2022-07-30 07:51
分子模拟 autodock运行autogrid出现warning，这是咋回事呢？
autogrid4.exe:WARNING:Oxygenatomfoundwithnobondedatoms,atomserialnumber2422,atom_type5autogrid4.exe:WARNING:Oxygenatomfoundwithnobondedatoms,atomserialnumber2427,atom_type5...
 天不负者 2022-06-18 12:37
分子模拟 autodock（tools1.5.6）分子对接
新人刚开始用autodock（tools1.5.6）分子对接，大分子从PDB下的，小分子多肽用chemdraw自己画的，前边都正常给大分子加氢看电荷，并且大小分子都转成了pdbqt格式，但最后autogrid（点击...
 gdzi4646 2022-02-28 12:26
分子模拟 gridbox后，进行run autogrid时小窗口闪退
可以保证路径正确，别的分子是可以正确对接的，这个分子在顺利完成去水，加氢的操作，之后进行grid-macromolecule-choose时出错，显示有几个原子没有电荷，是由于这个原因么smutao
 xxx踱 2021-11-28 02:51
电脑使用 AutoDockTools运行Run AutoGrid失败
在AutoDockTools中运行RunAutoGrid出现错误，前面都是按照教程一步步来的，到这一步就老是出现错误，如下图。大佬帮我看看吧
 阿发123 2021-09-23 03:06
计算模拟 在autodock运行Run Autogrid的时候没有map文件生成，请问该怎么...
在autodock运行RunAutogrid的时候没有map文件生成，请问该怎么解决啊？
 海滨稚子 2021-08-05 09:15
分子模拟 autodock 对接前辈，请不吝赐教，在此谢过～
我做对接时遇到的一个问题，提示错误：autogrid4:ERROR:ToomanyatomsinreceptorPDBQTfilemacro.pdbqt;autogrid4:ERROR:themaximumnumberofatoms,AG_MAX_ATOMS,allowedis32768.autogrid4:...
 坚守2012 2021-05-12 02:30
分子模拟 Autodock求助
我的ligand是一个配合物，里面有金属铜，通过高斯对其结构进行了优化，我在利用autodock做分子对接，做autogrid时出现了这个，请问各位大佬怎么解决？
 孤狼1 2021-04-02 01:37
硕博家园 Autodock跑autogrid一直失败怎么办
各位大佬，我最近在自学autodock，windows系统，python2.5和cygwin都装了，但是到了跑autogrid的这一步总是失败，跑不出map文件，系统提示我是can'tfindoropenprotein.pdbqt，可是我的蛋白...
 zierwazier 2020-11-04 01:58
分子模拟 autodock分子对接
有谁遇到过在运行autogrid的过程中出现下图这种情况是什么原因吗？捕获.PNG
 rll3502063 2020-07-10 06:15
论文投稿 流向加功量分配（“可控涡”设计）对斜流转子性能影响的探究
如公式（5）所示：（5）●仿真计算：对设计出的压缩机模型进行仿真计算分析，计算网格采用IGG/AutoGrid5生成贴体、多块网格。叶尖间隙部分的网格采用蝶形拓扑结构。叶轮形状和计算网格如图2...
 Tian_fu 2019-11-11 02:56
硕博家园 autogrid生不成N.map Autodock
autogrid生不成N.map文件，怎么改gpf文件就可以生成了？如下图
 lvhr 2019-01-08 01:21
计算模拟 Autogrid5网格生成问题
请问各位大神我在生成一个螺旋桨网格时，选择marinepropeller之后外部流场力的流向布点数目在哪可以修改呢目前没找到直接影响这个的参数导致外流场长细比特别大多谢
 lchn1 2018-11-28 12:19
计算模拟 autodock对接时运行autogrid出现闪退
按照网上autodock教程，运行autogrid出现闪退，显示不了autodock进程管理器，autodocktools提醒can'tfindoropenreceptorPDBQTfile“hsg1_rigid.pdbqt”，请各位指导
 Archer匀匀 2018-11-21 07:57
分子模拟 使用autodock观察对接好的分子构象到时候遇到了问题，跪求解答
如题所示，在使用autogrid与autodock之后生成了.dlg文件，记事本打开该文件显示已经成功successfulcompletion成功完成了。通过analyze→docking→open读取.dlg文件的时候也没有出现bug。...
 小福包56 2018-09-03 08:39
仿真模拟 autogrid
求助autogrid的教程
 流体小混混 2018-04-10 09:21
分子模拟 Autogrid 没有结果
用autodock4.2runautogrid能够运行，就是一直出不了结果，请问可能的原因是什么呀
 echoliuxm 2018-01-07 04:18
分子模拟 outdockd对接,outgrid 不成功找不到.glg的文件
之前对接没出现过这样的情况，好久没对接，这次居然出现问题了，有没有知道的大神帮帮忙谢谢了，就是第三个LogFilename，打开autogrid时候是不显示的，我重新选择下parameter的文件才出现，...
 fan5561777 2017-12-05 07:10
分子模拟 Autodock怎么生成glg文件
Autodock新手，跟着分子模拟论坛的步骤做，不知道glg文件怎么生成，运行Autogrid的时候出错感觉错误很多，每次错误都不一样，自己装的软件是linux版本的，请教高手可以教一下，教会有一定的...
 zhj1994 2017-11-09 08:59
硕博家园 numeca做离心风机仿真案例
哪位师兄师姐有numeca做离心通风机计算案例，就是带集流器泄露的，学了好久，还是没弄明白泄露的网格autogrid中该怎么划分，求分享，求指教啊！谢啦，在线等啊！work:[eimg]2017/1014/bw...
 zhtmaomao 2017-10-14 10:13
1391/6123456下一页