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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » autodock 对接前辈，请不吝赐教，在此谢过～～
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坚守2012

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock 对接前辈，请不吝赐教，在此谢过～～ 已有1人参与

我做对接时遇到的一个问题，提示错误：
autogrid4: ERROR:  Too many atoms in receptor PDBQT file macro.pdbqt;
autogrid4: ERROR:  -- the maximum number of atoms, AG_MAX_ATOMS, allowed is 32768.
autogrid4: ERROR:  Sorry, AutoGrid cannot continue.

看之前的帖子是要删一些原子，是怎么删呢？在ADT里删除还是在Pymol里删除，能否讲解一二，谢谢。
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学习学习
1楼 2021-05-12 22:20:30
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匿名

本帖仅楼主可见
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2楼2021-05-12 22:29:03
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坚守2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2脗楼: Originally posted by 陆颅脛脧碌脛陆麓 at 2021-05-12 22:29:03
脮芒赂枚pdbqt虏禄脢脟脭脷autodock脌茂脡煤鲁脡碌脛拢驴

脢脟脭脷autodock 脌茂脡煤鲁脡碌脛拢卢脢脺脤氓录脫脟芒/录脝脣茫碌莽潞脡隆拢隆拢潞贸卤拢麓忙碌脛
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3楼2021-05-12 22:32:49
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圈内与圈外

新虫 (著名写手)
原子太多了，如果用的整个蛋白，删一两条链

发自小木虫Android客户端
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4楼2021-05-13 06:36:33
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坚守2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4脗楼: Originally posted by 脠娄脛脷脫毛脠娄脥芒 at 2021-05-13 06:36:33
脭颅脳脫脤芦露脿脕脣拢卢脠莽鹿没脫脙碌脛脮没赂枚碌掳掳脳拢卢脡戮脪禄脕陆脤玫脕麓

脦脪脭脷autodock脌茂脡戮鲁媒脕麓潞贸拢卢鲁脤脨貌陆脨卤篓麓铆脕脣拢卢虏禄脰陋碌脌脢脟虏禄脢脟虏脵脳梅虏禄露脭隆拢
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5楼2021-05-13 16:57:10
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圈内与圈外

新虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 坚守2012 at 2021-05-13 16:57:10
我在autodock里删除链后，程序叫报错了，不知道是不是操作不对。...

可以用pymol

发自小木虫Android客户端
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6楼2021-05-13 19:31:25
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tpwd3636

禁虫 (小有名气)
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7楼2021-05-13 20:33:37
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坚守2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7脗楼: Originally posted by tpwd3636 at 2021-05-13 20:33:37
脫脙autodock禄貌脮脽pymol麓娄脌铆脡戮鲁媒脠脽脫脿碌脛脕麓禄貌脮脽掳卤禄霉脣谩虏脨禄霉录麓驴脡隆拢

陆芒戮枚脕脣拢卢脨禄脨禄
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8楼2021-05-17 18:42:07
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