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分类 共搜索到 14 个相关话题(最多显示前5000个) 作者 最后发表
分子生物 如何用auto dock 批量设置一个小分子化合物库
如题,最近想通过分子对接,筛一个蛋白可能结合的配体分子以前只用autodock一对一的做过。现在想一对多的筛选,autodock可以做到吗?一个蛋白,与若干小分子化合物试。
Peytonren 2022-10-22 03:37
药学 求教auto dock软件的下载
目前实验需要需要用到autodock软件,但在官网上不知道怎么下载,请求帮助,谢谢!
LH1995614 2019-09-27 11:41
分子模拟 auto dock4.2 对接重复性问题
请教下各位,用Autodock4.2对接一个小分子有机物和一个蛋白,对接次数100次条件相同的情况下,重复几次实验发现,抑制常数Ki的值重复性并不好,300多到500多。以及最低结合能数值的重复性也...
zcm123zcm123 2018-08-31 02:45
分子模拟 如何分析auto dock的对接结果
小白一枚,刚接触模拟。我用autodock对接了一个蛋白质和一个小分子,想知道蛋白质上哪几个残基对两者的结合作用很重要,如何分析对接的结果。具体有以下几个问题:1.需要分析两者之间的哪些...
文吃鱼奔奔 2017-09-22 03:17
计算模拟 auto dock4 不能计算格点能量
小分子含有不常见的金属原子,对接不能计算格点能量是什么原因。
虫小木xrc 2017-09-05 01:17
分子模拟 跪求会auto dock的大神
跪求会autodock的大神。
qiumingyang 2017-06-12 06:43
分子模拟 auto dock 跪求会的人
请问有没有人会用autodock软件的啊,跪求
初牛牛 2017-05-08 01:59
分子模拟 auto dock 计算时有包括配位键吗?急
我的蛋白中有金属离子,可以与配体中的氧形成配位键,根据晶体结构坐标使配体在蛋白中处于合适的...还是因为我的配体处理的不好,或grid,dock参数不合适导致作用方式不理想?应该怎么改呢?
从现在做起 2014-06-08 04:11
计算模拟 auto dock 计算时有包括配位键吗?急
我的蛋白中有金属离子,可以与配体中的氧形成配位键,根据晶体结构坐标使配体在蛋白中处于合适的...还是因为我的配体处理的不好,或grid,dock参数不合适导致作用方式不理想?应该怎么改呢?
jinyanyan 2014-06-06 03:43
计算模拟 有关Auto DOCK 计算Ki值的一些问题。
小弟近来投了一篇美国化学会(ACS)版面上的一篇文章,其中的一部分用到了基于DOCK程序对接小分子和酶,我们设计药物分子的思路是基于里面的结合能(BindingEnergy)和Ki(kcal/mol),第一...
fuhaijian008 2014-04-22 02:10
量子化学 求助auto dock软件模拟作图
模拟该结构与乙酰胆碱酯酶的氨基酸残基的相互作用,希望能给予帮助,帮忙作个图出来,谢谢!123.gif
snakeantely 2014-03-13 08:58
分子模拟 Auto dock
请问初学Autodock软件,有什么基础教程么?还有一个问题在Autodock软件中怎么设置工作目录及工作环境呢?即怎么做以下工作。新建工作文件夹“1HSG”,将编译好的“autogrid4,autodock4”...
小小呆瓜 2013-05-17 11:37
分子模拟 mpirun-np 8 mdrun_mpi-v-s 这步出错
然后我用dock之后的配体和蛋白的complex来跑MD(使用gromacs),之前的步骤都是正确的,但是,当输入命令:mpirun-np8mdrun_mpi...0isestimate-dlbenumautoDynamicloadbalancing(withDD):auto,...
bbslover 2011-09-06 01:32
计算模拟 [求助]auto dock的安装与使用 匿名 2007-12-11 12:54