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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何分析auto dock的对接结果
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文吃鱼奔奔

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何分析auto dock的对接结果 已有2人参与

小白一枚，刚接触模拟。
我用autodock对接了一个蛋白质和一个小分子，想知道蛋白质上哪几个残基对两者的结合作用很重要，如何分析对接的结果。
具体有以下几个问题：
1.需要分析两者之间的哪些作用才能找到关键残基？
2.如何用DS或者auto dock分析配体受体之间的疏水相互作用？
3.如何用DS或者auto dock分析配体受体之间的静电匹配？
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1楼 2017-09-22 11:40:17
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apparitioncc

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1：show interaction 可以分析相互作用的氨基酸残基
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2楼2017-09-24 08:07:33
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文吃鱼奔奔

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by apparitioncc at 2017-09-24 08:07:33
1：show interaction 可以分析相互作用的氨基酸残基

我现在生成了二维平面图，可以显示氢键、离子键，但是看不到疏水相互作用。请问你知道怎么显示疏水相互作用吗
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3楼2017-09-24 13:31:16
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文吃鱼奔奔

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by apparitioncc at 2017-09-24 08:07:33
1：show interaction 可以分析相互作用的氨基酸残基

我用的DS
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4楼2017-09-24 13:32:33
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hclwonder

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
文吃鱼奔奔: 金币+2, ★有帮助 2017-09-25 20:31:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by 文吃鱼奔奔 at 2017-09-24 13:31:16
我现在生成了二维平面图，可以显示氢键、离子键，但是看不到疏水相互作用。请问你知道怎么显示疏水相互作用吗...

很多软件都不显示疏水作用的，这可能是因为疏水作用不大好显示。
可以自己根据经验判断，也可以用poseview试试，有在线服务，绿色曲线即表示疏水作用。

发自小木虫Android客户端
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5楼2017-09-24 15:33:01
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松子俊

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by apparitioncc at 2017-09-24 08:07:33
1：show interaction 可以分析相互作用的氨基酸残基

在哪里啊
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6楼2020-07-24 11:09:04
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松子俊

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 文吃鱼奔奔 at 2017-09-24 13:31:16
我现在生成了二维平面图，可以显示氢键、离子键，但是看不到疏水相互作用。请问你知道怎么显示疏水相互作用吗...

疏水作用可以用ligplot软件，请问一下离子键和范德华哪个软件显示啊
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7楼2020-08-15 09:35:34
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