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auto dock4.2 对接重复性问题 已有3人参与
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| 请教下各位，用Auto dock4.2对接一个小分子有机物和一个蛋白，对接次数100次 条件相同的情况下，重复几次实验发现，抑制常数Ki的值 重复性并不好，300多到500多。以及最低结合能数值的重复性也不好。请问下 这是什么原因 |
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2楼2018-08-31 14:59:06
3楼2018-08-31 15:30:00
4楼2018-09-20 20:53:16
【答案】应助回帖
| AutoDock使用遗传算法，对接结果具有随机性，但聚类分析通常会表现出一定的稳定性。你的情况可能是因为蛋白口袋形状较大、配体分子较小使得配体结合收到的约束较少或者没有氢键之类的具有明确方向的作用力使之结合方向各异。建议用AutoDock Vina，计算更快更准确。更建议用UCSF Dock 6，对接结果是固定的。这两个方案都可以在殷赋云计算平台（http://www.yinfotek.com/platform）上找到，无需安装软件，即可轻松完成整个分子对接计算与分析。 |
5楼2019-03-28 10:22:18