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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » auto dock4.2 对接重复性问题
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zcm123zcm123

新虫 (初入文坛)

[求助] auto dock4.2 对接重复性问题 已有3人参与

请教下各位，用Auto dock4.2对接一个小分子有机物和一个蛋白，对接次数100次 条件相同的情况下，重复几次实验发现，抑制常数Ki的值 重复性并不好，300多到500多。以及最低结合能数值的重复性也不好。请问下 这是什么原因
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1楼 2018-08-31 10:26:45
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对接结果有一定的随机性，对接能量簇分析稳定即可
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2楼2018-08-31 14:59:06
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zcm123zcm123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2018-08-31 14:59:06
对接结果有一定的随机性，对接能量簇分析稳定即可

你好，我这一次是选了100个构象中结合能最低的。然后平行比较 发现。结合能的数值确实差的不多，但是抑制常数，结合位点都有很大的出入，
关于你说的团簇的问题。 之前也出现过团簇分析柱状图其最多构象的团簇 平行比较重复性也不太好  团簇的个数和 高低都没有趋势上的相似。 计算条件都一致
望解答，谢谢
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3楼2018-08-31 15:30:00
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拜仁慕尼黑5

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问对接软件怎么下啊
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4楼2018-09-20 20:53:16
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扯不断

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

AutoDock使用遗传算法，对接结果具有随机性，但聚类分析通常会表现出一定的稳定性。你的情况可能是因为蛋白口袋形状较大、配体分子较小使得配体结合收到的约束较少或者没有氢键之类的具有明确方向的作用力使之结合方向各异。建议用AutoDock Vina，计算更快更准确。更建议用UCSF Dock 6，对接结果是固定的。这两个方案都可以在殷赋云计算平台（http://www.yinfotek.com/platform）上找到，无需安装软件，即可轻松完成整个分子对接计算与分析。
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5楼2019-03-28 10:22:18
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