【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? - 分子模拟 - LAMMPS/DL_POLY

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11楼2010-01-27 21:58:11

老虎大王

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lei0736(金币+5):谢谢 2010-01-28 10:35

老弟，要仔细看说明书，然后相信自己。
A。你那个CT和1之间有几个空格呢合适呢？说明书上说了，这个atmnam的格式是a8，也就是，它占8列宽度。那么你这个“1"字，就要写在第8列以后，而它本身是I10，那么这个“1”字就是要占10列宽度，也就是要写在第18列以前。留几个空格不是问题。同时你也应该读到，这个“1"，也就是原子的Index，它并不是必须的，写不写都行。

B。natoms其实不是必须的。这个你要自己验证，你运行一个例子，运行两遍，胡乱改一下这个数字，看看结果是否相同。呵呵。其实，这个原子数目是在FIELD文件中定义的。这个地方胡填一个也不影响大局，就好像你前面问的engcfg这个变量一样。当然我建议你认真把能准确写出的数据都给它填好。

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12楼2010-01-28 10:20:35

tpp001

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引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-28 10:20:35:
老弟，要仔细看说明书，然后相信自己。
A。你那个CT和1之间有几个空格呢合适呢？说明书上说了，这个atmnam的格式是a8，也就是，它占8列宽度。那么你这个“1"字，就要写在第8列以后，而它本身是I10，那么这个 ...

我想问一下,CONFIG 中atom name和FIELD中的atomic site name 一定要一样吗
我在CONFIG中是这样描述的
C1             1
            14.725             10.573             37.602
C2             2
            15.492             9.515             38.393
C3             3
            15.720             9.910             39.857
C4             4
            16.413             8.815             40.667
S14             5
            14.484             10.045             35.884
而在FIELD 中这样来定义的:
atoms 5    mass       charge rept
CH3    15.03500    0.0       1
CH2    14.02700    0.0       3
   SH    33.06800    0.0       1
我自己的理解是CONFIG中的C1,C2,C3,C4,S14是原子的名称,而FIELD中的CH3,CH2,SH是原子类型,可以不一样,但是它们是一一对应的,这样理解对吗??

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13楼2010-02-01 20:24:40

老虎大王

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lei0736(金币+3):谢谢 2010-02-01 22:11

我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比较深的理解了。先按你的想法，另外再改写一下ＣＯＮＦＩＧ，各运行两三步，看结果一样不一样。

14楼2010-02-01 21:05:39

小润猪

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-02-03 09:28

关于CONFIG文件生成，有很多方法，可以用MS，也可以用metadise、gulp、discovery studio 等，这些软件都可以实现这个功能。说白了CONFIG 就是些原子坐标，简单分子甚至可以自己计算着写上去。
CONFIG 与FIELD 文件中的标识方法需要一致，而且出现顺序也必须一致。

15楼2010-02-03 03:02:38

tpp001

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引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-02-01 21:05:39:
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比 ...

我还没有运行我的体系,但是我想问一下,如果我想看最后的CFGMIN 即:the configuration with the lowest configurational energy. 给出的结构,怎么查看,谢谢........

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16楼2010-02-03 14:14:45

tpp001

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引用回帖:

Originally posted by 小润猪 at 2010-02-03 03:02:38:
关于CONFIG文件生成，有很多方法，可以用MS，也可以用metadise、gulp、discovery studio 等，这些软件都可以实现这个功能。说白了CONFIG 就是些原子坐标，简单分子甚至可以自己计算着写上去。
CONFIG 与FIELD 文 ...

谢谢你的回复,你的意思是:
我上面给的 CONFIG 中atom name和FIELD中的atomic site name 一定要一样吗

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17楼2010-02-03 14:15:36

小润猪

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-02-03 20:12

肯定要一样的，要不怎么对应识别？
如果不一样，运行时会提示你出错的。
呵呵，按照我的经验是一定要一致的。

18楼2010-02-03 18:52:54

小润猪

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-02-03 20:13

分子模拟我也是刚起步，只是运气较好，跟个有耐心的老板，很多东西直接问他就行。我现在是用metadise生成config文件，然后用dl_poly运算动力学。
个人觉得，最难和最关键的其实是如何确定field里面的作用参数。不仅是要找到有参数，而且这些参数要适合我们的模拟体系。
其他操作技巧，两个月可以上手，以后基本都差不多了。

19楼2010-02-03 19:03:59

tpp001

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引用回帖:

你好,我自己编写的CONFIG. FIELD. CONTROL这3个文件.运行以后我查看OUTPUT文件感觉没有运行完,不知道哪里出错了.我把CONFIG文件给贴出来
TEST 28: SPC IceVII (432 Molecules) Optimisation

optimise force    1.0
steps             1000
print                1
stack                10
stats                1
timestep          0.001
cutoff             7.0
delr                0.5
spme precision 1.0E-6
quaternion tolerance 1.0E-6

job time    1000000.0
close time       100.0

finish

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20楼2010-03-06 10:48:23