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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

[求助] 关于fix deposit 命令疑惑 已有2人参与

本人打算用fix deposit命令做一些沉积的模拟,程序能够运行,也能够显示出沉积原子数目不断增加,但是就是输出不了沉积原子的信息,也就是dump不出来,请问,有没有人知道如何解决?
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stormlike

新虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
测试deposit原子的group试试看
3楼2016-02-25 04:01:49
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查看全部 5 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuexiaoming: 金币+10 2016-02-28 14:28:14
是不是dump的时候用的的是custom,或者是atom?
是不是用vmd看的结果?

如果是的话,你的dump文件其实包含了新的原子,只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法:
dump 类型用xyz, 比如 dump 1 all xyz 10 dump.xyz
然后,用vmd读入
topo readvarxyz dump.xyz
2楼2016-02-25 02:54:09
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-02-25 02:54:09
是不是dump的时候用的的是custom,或者是atom?
是不是用vmd看的结果?

如果是的话,你的dump文件其实包含了新的原子,只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法:
dump 类型用xyz, 比如 dump 1 all xyz  ...

谢谢你 确实是这样子的
4楼2016-02-28 14:28:45
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skplin

铜虫 (小有名气)

这个命令可以在几个颗粒上沉积吗?也就是在几个颗粒上生长
5楼2017-03-12 10:49:12
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