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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于fix deposit 命令疑惑
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

[求助] 关于fix deposit 命令疑惑 已有2人参与

本人打算用fix deposit命令做一些沉积的模拟，程序能够运行，也能够显示出沉积原子数目不断增加，但是就是输出不了沉积原子的信息，也就是dump不出来，请问，有没有人知道如何解决？
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1楼 2016-02-24 18:45:59
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuexiaoming: 金币+10 2016-02-28 14:28:14
是不是dump的时候用的的是custom，或者是atom？
是不是用vmd看的结果？

如果是的话，你的dump文件其实包含了新的原子，只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法：
dump 类型用xyz， 比如 dump 1 all xyz 10 dump.xyz
然后，用vmd读入
topo readvarxyz dump.xyz
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2楼2016-02-25 02:54:09
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stormlike

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测试deposit原子的group试试看
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3楼2016-02-25 04:01:49
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-02-25 02:54:09
是不是dump的时候用的的是custom，或者是atom？
是不是用vmd看的结果？

如果是的话，你的dump文件其实包含了新的原子，只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法：
dump 类型用xyz， 比如 dump 1 all xyz  ...

谢谢你 确实是这样子的
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4楼2016-02-28 14:28:45
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skplin

铜虫 (小有名气)
这个命令可以在几个颗粒上沉积吗？也就是在几个颗粒上生长
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5楼2017-03-12 10:49:12
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