24小时热门版块排行榜    

查看: 1479  |  回复: 4

yuexiaoming

新虫 (小有名气)

[求助] 关于fix deposit 命令疑惑 已有2人参与

本人打算用fix deposit命令做一些沉积的模拟,程序能够运行,也能够显示出沉积原子数目不断增加,但是就是输出不了沉积原子的信息,也就是dump不出来,请问,有没有人知道如何解决?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuexiaoming: 金币+10 2016-02-28 14:28:14
是不是dump的时候用的的是custom,或者是atom?
是不是用vmd看的结果?

如果是的话,你的dump文件其实包含了新的原子,只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法:
dump 类型用xyz, 比如 dump 1 all xyz 10 dump.xyz
然后,用vmd读入
topo readvarxyz dump.xyz
2楼2016-02-25 02:54:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stormlike

新虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
测试deposit原子的group试试看
3楼2016-02-25 04:01:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuexiaoming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-02-25 02:54:09
是不是dump的时候用的的是custom,或者是atom?
是不是用vmd看的结果?

如果是的话,你的dump文件其实包含了新的原子,只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法:
dump 类型用xyz, 比如 dump 1 all xyz  ...

谢谢你 确实是这样子的
4楼2016-02-28 14:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

skplin

铜虫 (小有名气)

这个命令可以在几个颗粒上沉积吗?也就是在几个颗粒上生长
5楼2017-03-12 10:49:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuexiaoming 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +11 梨花珞晚风 2026-03-17 11/550 2026-03-22 17:42 by luoyongfeng
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 化学调剂 +5 yzysaa 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:12 by peike
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-16 3/150 2026-03-21 03:59 by JourneyLucky
[考研] 初始318分求调剂(有工作经验) +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂,总分315(英一) +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +7 困于星晨 2026-03-17 9/450 2026-03-20 17:38 by 无懈可击111
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
信息提示
请填处理意见