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yuexiaoming

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[求助] 关于fix deposit 命令疑惑已有2人参与

本人打算用fix deposit命令做一些沉积的模拟，程序能够运行，也能够显示出沉积原子数目不断增加，但是就是输出不了沉积原子的信息，也就是dump不出来，请问，有没有人知道如何解决？

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1楼 2016-02-24 18:45:59

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alundilong

木虫 (正式写手)

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yuexiaoming: 金币+10 2016-02-28 14:28:14

是不是dump的时候用的的是custom，或者是atom？
是不是用vmd看的结果？

如果是的话，你的dump文件其实包含了新的原子，只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法：
dump 类型用xyz，比如 dump 1 all xyz 10 dump.xyz
然后，用vmd读入
topo readvarxyz dump.xyz

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2楼2016-02-25 02:54:09

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stormlike

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测试deposit原子的group试试看

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3楼2016-02-25 04:01:49

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yuexiaoming

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引用回帖:

2楼: Originally posted by alundilong at 2016-02-25 02:54:09
是不是dump的时候用的的是custom，或者是atom？
是不是用vmd看的结果？

如果是的话，你的dump文件其实包含了新的原子，只是vmd不支持原子数变化的文件。

解决方法：
dump 类型用xyz，比如 dump 1 all xyz ...

谢谢你确实是这样子的

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4楼2016-02-28 14:28:45

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