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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何确定一个蛋白在目标菌株中的同源蛋白？
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baierlug

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何确定一个蛋白在目标菌株中的同源蛋白？ 已有1人参与

已知E.coli的一个蛋白A，我想找到在我的菌里面的同源蛋白，请问如何确定哪个是其同源蛋白？
我把A的氨基酸序列进行blastp比对，目标菌株选定我的菌后，得到的结果如图所示，有很多个蛋白，请问哪个才是A的同源蛋白？如何确定的？谢谢！！

如何确定一个蛋白在目标菌株中的同源蛋白？
FireShot Capture 4 - NCBI Blast_Protein Sequence (490 let_ - http___blast.ncbi.nlm.nih.gov_Blast.cgi.png
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嬉皮之下尽是忧伤
1楼 2016-02-24 12:36:12
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sunlk

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-02-24 22:14:19
同源性是一个定性的概念，我觉得你可以选择跟你序列一致性比较高的基因，即第一个。
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很给力
2楼2016-02-24 14:13:46
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baierlug

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sunlk at 2016-02-24 14:13:46
同源性是一个定性的概念，我觉得你可以选择跟你序列一致性比较高的基因，即第一个。

是的两个蛋白要么是同源的，要么不是同源蛋白。基本确定第一个是，问题是我不知道第二个第三个等等是不是也是同源蛋白？怎么确定的
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嬉皮之下尽是忧伤
3楼2016-02-24 18:04:13
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sunlk

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by baierlug at 2016-02-24 18:04:13
是的两个蛋白要么是同源的，要么不是同源蛋白。基本确定第一个是，问题是我不知道第二个第三个等等是不是也是同源蛋白？怎么确定的...

按理说都是具有同源性。我们常说的两个蛋白是同源性蛋白是指一个基因在不同物种当中序列具有序列的一致性，在比较这不同物种的同一个基因功能的时候，我们会提及他们是同源性蛋白，这个是常用的。但是两个不同蛋白如果序列一致性超过10%或者50%（具体多少好像没有文章界定你可以查一下）都是具有同源性的。
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很给力
4楼2016-02-25 08:33:25
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baierlug

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sunlk at 2016-02-25 08:33:25
按理说都是具有同源性。我们常说的两个蛋白是同源性蛋白是指一个基因在不同物种当中序列具有序列的一致性，在比较这不同物种的同一个基因功能的时候，我们会提及他们是同源性蛋白，这个是常用的。但是两个不同蛋白 ...

所以您的意思是图片里的除了最后一个，都可能是A的同源蛋白？
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嬉皮之下尽是忧伤
5楼2016-02-25 08:57:46
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雕刻你的拾光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by baierlug at 2016-02-25 08:57:46
所以您的意思是图片里的除了最后一个，都可能是A的同源蛋白？...

一般ident小于百分之三十表明序列相似性低，不能是同源蛋白了吧
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6楼2020-11-17 11:02:30
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