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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS源代码的求助
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frcon

新虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS源代码的求助 已有1人参与

给位老师，大家好，最近我在修改lammps中bond_harmonic的源代码，对其中部分不是很清楚，在这里请教一下：
bond_harmonic的势函数为E=K（r-r0)^2, 在源代码中
rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
r = sqrt(rsq);
dr = r - r0[type];
rk = k[type] * dr;

其势函数是这样写的，在这里，我不是很懂程序中[type]的意思，各位有知道的能讲解一下吗？万分感谢！
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1楼 2016-02-23 14:19:24
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这很好理解啊，模拟中可以定义多种类型的键，每一种类型的键都有相应的力常数k和平衡距离r0， type就表示健的种类。

p.s. 如果不懂c++，还是补一点基础知识再去看源代码。
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2楼2016-02-23 15:27:18
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frcon

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2016-02-23 15:27:18
这很好理解啊，模拟中可以定义多种类型的键，每一种类型的键都有相应的力常数k和平衡距离r0， type就表示健的种类。

p.s. 如果不懂c++，还是补一点基础知识再去看源代码。

好的，谢谢
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3楼2016-02-23 15:33:43
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frcon

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2016-02-23 15:27:18
这很好理解啊，模拟中可以定义多种类型的键，每一种类型的键都有相应的力常数k和平衡距离r0， type就表示健的种类。

p.s. 如果不懂c++，还是补一点基础知识再去看源代码。

那像代码里的ebond，fbond这些定义对应的意思可以在哪里找到
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4楼2016-02-23 15:35:20
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

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4楼: Originally posted by frcon at 2016-02-22 19:35:20
那像代码里的ebond，fbond这些定义对应的意思可以在哪里找到...

没法找到，lammps代码不可能每一行都给你注释，每个变量的具体含义只能根据变量的名字和在程序中的调用，结合注释才能推测。

像ebond， fbond都还是比较简单的能根据名字能推测出含义的变量，也就是键的能量和力。如果碰到其他你看了半天代码也推测不出来含义的变量，可以到lammps mailing list去请教别人。lammps developer guide（http://lammps.sandia.gov/doc/Developer.pdf）可以帮助你了解代码的结构，但不会告诉你每个变量每个函数的具体含义。总之要了解代码是要花一些时间的。
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5楼2016-02-24 00:26:58
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frcon

新虫 (初入文坛)
好的，谢谢你，我已经能把代码和势函数对应上了，还有个疑问麻烦了，就是力的公司是怎么写进去的，因为我不是学习分子动力学的，所以不是很清楚，了解的还不够

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6楼2016-02-24 00:30:42
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by frcon at 2016-02-23 04:30:42
好的，谢谢你，我已经能把代码和势函数对应上了，还有个疑问麻烦了，就是力的公司是怎么写进去的，因为我不是学习分子动力学的，所以不是很清楚，了解的还不够

这很简单，只要你知道了你键能还有受力（也就是键能对距离的导数取负值），直接把ebond和fbond的函数形式改掉就行了。以bond_harmonic.cpp为例，在compute()这个函数里，你可以看到以下代码
CODE:
    rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
    r = sqrt(rsq);
    dr = r - r0[type];
    rk = k[type] * dr;

    // force & energy

    if (r > 0.0) fbond = -2.0*rk/r;
    else fbond = 0.0;

    if (eflag) ebond = rk*dr;

你需要的就是在compute()还有single()两个函数里把fbond和ebond的函数形式改成你所需要的形式。如果你不太确定怎么改，可以参考bond_morse.cpp，也就是把harmonic bond换成morse bond，看看代码是怎么变动的。

另外如果你定义键能的参数也发生了变动（比方说你需要更多的参数来定义键能），同时也需要对coeff()这个函数进行修改来改变参数传递，具体例子参考bond_morse.cpp和bond_harmonic.cpp之间的区别，这个不难的。
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7楼2016-02-24 03:22:14
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frcon

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lsloneil at 2016-02-24 03:22:14
这很简单，只要你知道了你键能还有受力（也就是键能对距离的导数取负值），直接把ebond和fbond的函数形式改掉就行了。以bond_harmonic.cpp为例，在compute()这个函数里，你可以看到以下代码
    rsq = delx*delx  ...

谢谢你，我比较了这两个代码，发现了他们的不同，也知道了怎么去修改，非常感谢，我去试试

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8楼2016-02-24 15:16:59
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