| 查看: 1814 | 回复: 7 | ||||
[求助]
LAMMPS源代码的求助 已有1人参与
|
|
给位老师，大家好，最近我在修改lammps中bond_harmonic的源代码，对其中部分不是很清楚，在这里请教一下： bond_harmonic的势函数为E=K（r-r0)^2, 在源代码中 rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz; r = sqrt(rsq); dr = r - r0[type]; rk = k[type] * dr; 其势函数是这样写的，在这里，我不是很懂程序中[type]的意思，各位有知道的能讲解一下吗？万分感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有4人回复
-
基金中了
已经有15人回复
-
帮忙看看fileCode
已经有8人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有3人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有15人回复
-
filecode
已经有8人回复
-
确定了，国自然21号放榜
已经有7人回复
-
综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？
已经有11人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有24人回复
-
静等基金结果
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps势函数问题
已经有2人回复
- lammps 计算粘度 lj单位 转化为 metal单位 出错
已经有7人回复
- 流固耦合方向德国博士，回国的话，国内哪些高校(或中科院)比较对口？
已经有92人回复
- lammps中能否在源代码中自己编辑公式
已经有1人回复
- 关于LAmmps的windows下源程序编译调试问题
已经有7人回复
- 关于towhee 回答zhang_jaj的问题
已经有44人回复
- 如何在lammps里加入新的势函数形式？
已经有6人回复
- 【求助】更改源代码 并行出问题
已经有9人回复
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2016-02-23 15:27:18
3楼2016-02-23 15:33:43
4楼2016-02-23 15:35:20
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
|
没法找到，lammps代码不可能每一行都给你注释，每个变量的具体含义只能根据变量的名字和在程序中的调用，结合注释才能推测。 像ebond， fbond都还是比较简单的能根据名字能推测出含义的变量，也就是键的能量和力。如果碰到其他你看了半天代码也推测不出来含义的变量，可以到lammps mailing list去请教别人。lammps developer guide（http://lammps.sandia.gov/doc/Developer.pdf）可以帮助你了解代码的结构，但不会告诉你每个变量每个函数的具体含义。总之要了解代码是要花一些时间的。 |
5楼2016-02-24 00:26:58
6楼2016-02-24 00:30:42
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
|
这很简单，只要你知道了你键能还有受力（也就是键能对距离的导数取负值），直接把ebond和fbond的函数形式改掉就行了。以bond_harmonic.cpp为例，在compute()这个函数里，你可以看到以下代码 你需要的就是在compute()还有single()两个函数里把fbond和ebond的函数形式改成你所需要的形式。如果你不太确定怎么改，可以参考bond_morse.cpp，也就是把harmonic bond换成morse bond，看看代码是怎么变动的。 另外如果你定义键能的参数也发生了变动（比方说你需要更多的参数来定义键能），同时也需要对coeff()这个函数进行修改来改变参数传递，具体例子参考bond_morse.cpp和bond_harmonic.cpp之间的区别，这个不难的。 |
7楼2016-02-24 03:22:14
8楼2016-02-24 15:16:59
100