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frcon

新虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS源代码的求助 已有1人参与

给位老师,大家好,最近我在修改lammps中bond_harmonic的源代码,对其中部分不是很清楚,在这里请教一下:
bond_harmonic的势函数为E=K(r-r0)^2, 在源代码中
rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
r = sqrt(rsq);
dr = r - r0[type];
rk = k[type] * dr;

其势函数是这样写的,在这里,我不是很懂程序中[type]的意思,各位有知道的能讲解一下吗?万分感谢!
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by frcon at 2016-02-23 04:30:42
好的,谢谢你,我已经能把代码和势函数对应上了,还有个疑问麻烦了,就是力的公司是怎么写进去的,因为我不是学习分子动力学的,所以不是很清楚,了解的还不够

这很简单,只要你知道了你键能还有受力(也就是键能对距离的导数取负值),直接把ebond和fbond的函数形式改掉就行了。以bond_harmonic.cpp为例,在compute()这个函数里,你可以看到以下代码
CODE:
    rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
    r = sqrt(rsq);
    dr = r - r0[type];
    rk = k[type] * dr;

    // force & energy

    if (r > 0.0) fbond = -2.0*rk/r;
    else fbond = 0.0;

    if (eflag) ebond = rk*dr;

你需要的就是在compute()还有single()两个函数里把fbond和ebond的函数形式改成你所需要的形式。如果你不太确定怎么改,可以参考bond_morse.cpp,也就是把harmonic bond换成morse bond,看看代码是怎么变动的。

另外如果你定义键能的参数也发生了变动(比方说你需要更多的参数来定义键能),同时也需要对coeff()这个函数进行修改来改变参数传递,具体例子参考bond_morse.cpp和bond_harmonic.cpp之间的区别,这个不难的。
7楼2016-02-24 03:22:14
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这很好理解啊,模拟中可以定义多种类型的键,每一种类型的键都有相应的力常数k和平衡距离r0, type就表示健的种类。

p.s. 如果不懂c++,还是补一点基础知识再去看源代码。
2楼2016-02-23 15:27:18
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frcon

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2016-02-23 15:27:18
这很好理解啊,模拟中可以定义多种类型的键,每一种类型的键都有相应的力常数k和平衡距离r0, type就表示健的种类。

p.s. 如果不懂c++,还是补一点基础知识再去看源代码。

好的,谢谢
3楼2016-02-23 15:33:43
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frcon

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2016-02-23 15:27:18
这很好理解啊,模拟中可以定义多种类型的键,每一种类型的键都有相应的力常数k和平衡距离r0, type就表示健的种类。

p.s. 如果不懂c++,还是补一点基础知识再去看源代码。

那像代码里的ebond,fbond这些定义对应的意思可以在哪里找到
4楼2016-02-23 15:35:20
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