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真果粒

新虫 (初入文坛)

[求助] 质粒长片段pcr及质粒的重新构建 已有2人参与

准备在一个购买的一个质粒(12kb)加一个基因,但由于没有合适的酶切位点,所以准备先将原质粒进行全长pcr,并在引物上添加酶切位点,最后和目的基因连接构建新的质粒。但在p质粒全长的时候遇到如下图(左边两泳道)的问题。即:目的条带较暗,而点样孔里面较亮。LArtaq和primestar GXL两种酶都用过,也差不多都这样。反应条件LArtaq:95℃:5min    94℃:45s   (55-68℃): 45s   72℃:11min   72℃:10min  ,primestar GXL是根据其说明书来的:(三步法)95℃:5min    98℃:10s     (65℃和60℃均用过): 15s    72℃(说明书上用的是68℃也用过):11min(说明书上超过10kb的延伸时间为10min,也试过) ;(两步法)95℃:5min    98℃:10s    68℃:10min   68℃:10min。引物包装上给出的温度是70和72摄氏度(引物上加了酶切位点)。
各位大神,出现如图的情况是啥原因?另外,进行用上面的方法重构质粒的方法可行吗?

质粒长片段pcr及质粒的重新构建
小木虫.jpg
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徘徊在街头,不知何去何从。
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-02-22 22:41:56
大的质粒(>5kb)不推荐PCR扩增,谁知道在哪就突变了。。你又不可能扩增完了把整个质粒都测序了。。你看一下质粒图谱,看看两边有没有单一酶切位点(不是你要插入基因的地方,而是再上游和下游)。有的话,就做overlap PCR,插入你的酶切位点就行了。

你是慢病毒载体么?我手里有很多慢病毒载体,需要的话可以站短我。。
2楼2016-02-22 15:09:13
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sunlk

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-02-22 22:42:14
没有合适的酶切位点的话 可用平末端连接的方法试试,这个可以有的;此外点样孔亮,跑不出就是可能你的质粒做模板量加的太多了,。反复的变性复性,质粒交叉在一起拉,跑不出去。50ul体系,质粒做模板10ng足够。该用平末端连接吧。
很给力
3楼2016-02-22 16:24:16
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