24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 332  |  回复: 3
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

pinkone

[交流] [分子模拟] 【求助】NAMD去水 切片段

NAMD不熟
已有一个pdb文件,请教如何去水 切片段
[search]namd[/search]

[ Last edited by zzgyb on 2008-12-31 at 15:44 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

vmd ->tkcon
set all [atomselect top "not water"]
$all writepdb nowater.pdb
就行了吧
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2008-10-07 11:26:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
去水就是把pdb 文件里面带HOH 的行删除,
2楼2008-10-06 20:43:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tecpenguin

铁虫 (初入文坛)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
很多工具可以去水。
arguslab\pymol\ambertools等
苦干巧干,多动脑筋,坚持原则,掌握灵活,宽以待人,严于律己,广交朋友,不要吝啬
3楼2008-10-06 22:55:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:30 by 蓝云思雨
[考研] 285求调剂 +16 AZMK 2026-04-02 16/800 2026-04-07 18:10 by 蓝云思雨
[考研] 材料考研求调剂总分280 +23 mkjlz1 2026-04-06 26/1300 2026-04-07 15:58 by 啊俊!
[考研] 一志愿哈工大,初试329,求环境科学与工程调剂! +10 余未辛 2026-04-06 10/500 2026-04-07 15:44 by 上岸快快
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 初试301,代码085701环境工程,本硕一致,四六级已过,有二区一作,共发表5篇论文 +11 axibli 2026-04-01 12/600 2026-04-07 11:20 by audery861007
[考研] 考研调剂 +7 15615482637 2026-04-04 7/350 2026-04-06 22:56 by chenzhimin
[考研] 求调剂 +11 xzghyuj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 11:49 by lijunpoly
[考研] 315求调剂 +14 欣喜777 2026-04-04 15/750 2026-04-06 06:25 by houyaoxu
[考研] 材料调剂 +13 一样YWY 2026-04-03 14/700 2026-04-05 18:20 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿同济大学323分(080500)求调剂 +8 yikeniu 2026-04-01 8/400 2026-04-05 18:15 by cql1109
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 求生物学调剂 +14 15172915737 2026-04-01 14/700 2026-04-04 20:13 by babysonlkd
[考研] +5 雾与海 2026-04-02 6/300 2026-04-04 19:53 by 蓝云思雨
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 11408,284分,二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
信息提示
请填处理意见