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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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pinkone

[交流] [分子模拟] 【求助】NAMD去水 切片段

NAMD不熟
已有一个pdb文件,请教如何去水 切片段
[search]namd[/search]

[ Last edited by zzgyb on 2008-12-31 at 15:44 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
去水就是把pdb 文件里面带HOH 的行删除,
2楼2008-10-06 20:43:31
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
很多工具可以去水。
arguslab\pymol\ambertools等
苦干巧干,多动脑筋,坚持原则,掌握灵活,宽以待人,严于律己,广交朋友,不要吝啬
3楼2008-10-06 22:55:23
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

vmd ->tkcon
set all [atomselect top "not water"]
$all writepdb nowater.pdb
就行了吧
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2008-10-07 11:26:28
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