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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [分子模拟] 【求助】NAMD去水 切片段
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pinkone

[交流] [分子模拟] 【求助】NAMD去水 切片段

NAMD不熟
已有一个pdb文件，请教如何去水 切片段
[search]namd[/search]

[ Last edited by zzgyb on 2008-12-31 at 15:44 ]
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1楼 2008-10-06 20:24:53
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
很多工具可以去水。
arguslab\pymol\ambertools等
赞一下(10人) 回复此楼
苦干巧干，多动脑筋，坚持原则，掌握灵活，宽以待人，严于律己，广交朋友，不要吝啬
3楼2008-10-06 22:55:23
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
去水就是把pdb 文件里面带HOH 的行删除，
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-10-06 20:43:31
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
vmd ->tkcon
set all [atomselect top "not water"]
$all writepdb nowater.pdb
就行了吧
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2008-10-07 11:26:28
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