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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » [求助]过渡态寻找和优化QST2输入的问题
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sunny_sky681

木虫 (小有名气)

浴火重生的凤凰

[交流] [求助]过渡态寻找和优化QST2输入的问题

请教关于过渡态OPT输入的问题，其中QST2方法是要输入反应物和产物两个坐标的，格式如下：
反应 SiH4-->TS-->SiH2+H2

# RHF/6-31G(d) OPT=QST2 Freq Test

Untitled

0,1
reactance(SiH4)

Untitled

0,1
product(SiH2+H2)

那么对于反应A+B--->C+D这样的反应呢，该如何输入呢？（假设A和C是主要的反应物和产物）

----------------分割线-----------------------------

我在网上查到一些资料，请教解读一下咯，其中的H2放在哪里了呢？
对于反应 SiH4-->TS-->SiH2+H2
这是一个A--->B+C 的反应

%chk=qst2
#hf/3-21g* opt=(QST2,noeigen,redundant) freq Test

SiH4 -->SiH2+H2   Reactants

0  1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5

SiH4-->SiH2+H2  products

2  3
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.69
A1=82.0
A2=28.0

以上语句，前后的原子数是一样的！但是H2不是已经分出去了嘛？为什么咯
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做一个善良的人
1楼 2008-10-06 16:35:40
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gaochao85

铜虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
ＱＳＴ2要求过渡态两边的两个中间体，这两个中间体一般是较稳定的复合物，你后面应该是一个产物复合物
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2楼2008-10-06 16:40:04
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sunny_sky681

木虫 (小有名气)

浴火重生的凤凰
引用回帖:
Originally posted by gaochao85 at 2008-10-6 16:40:
ＱＳＴ2要求过渡态两边的两个中间体，这两个中间体一般是较稳定的复合物，你后面应该是一个产物复合物

何谓产物复合物？不知道怎么把SiH2和H2合并到一起咯...就是这个不懂啦，我碰到的是A+B+C--->E+F形式的反应，汗~
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做一个善良的人
3楼2008-10-06 16:42:23
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gaochao85

铜虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
其实 就是把SiH2与H2放在一个适当的距离， 就是molecule-molecule complex
然后优化
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4楼2008-10-06 17:19:03
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sunny_sky681

木虫 (小有名气)

浴火重生的凤凰
引用回帖:
Originally posted by gaochao85 at 2008-10-6 17:19:
其实 就是把SiH2与H2放在一个适当的距离， 就是molecule-molecule complex
然后优化

MM法优化？我不清楚这个适当的距离是怎么摆啊，就是随便画的吗？而且虽然画在一起，但是分开的话，原子标号也调不来...抱歉，我不会手动输入坐标，都是用hyperchem的...
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做一个善良的人
5楼2008-10-06 20:26:59
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農貓

铁杆木虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
同意三樓的說法
我也是這麼做
曾經想要使用QST2進行優化
然而到目前為止?奈闯晒^
曾試過
1. 手動調整原子標號
2. 自動調整原子標號
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6楼2008-10-07 00:03:04
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mscic

金虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
直接用TS优化吧,根据反应物,产物猜测一个TS的初始结构就行了.
QST2需要三个结构,TS的结构,TS两边的IM结构(就是上面说的COMPLEX,所谓复合物就是键要断未断的那个结构,呵呵).
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7楼2008-10-07 09:12:08
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sunny_sky681

木虫 (小有名气)

浴火重生的凤凰
★
spur(金币+1,VIP+0):3Q!欢迎常来！
引用回帖:
Originally posted by mscic at 2008-10-7 09:12:
直接用TS优化吧,根据反应物,产物猜测一个TS的初始结构就行了.
QST2需要三个结构,TS的结构,TS两边的IM结构(就是上面说的COMPLEX,所谓复合物就是键要断未断的那个结构,呵呵).

恩，键要断未断就是虚键吧，只是反应式比较复杂的时候，无法把所有的都汇集到一起啊，这个可能我要再想想咯。另外，用TS得到过渡态，还是需要用QST2来优化过渡态才比较好吧...
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做一个善良的人
8楼2008-10-07 11:34:31
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農貓

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!欢迎常来！
???????:
Originally posted by mscic at 2008-10-7 09:12:
?????TS?????,????????,?????????TS????????????.
QST2?????????,TS???,TS?????IM??(???????????COMPLEX,??ν?????????????δ????????,???).

??????TS????
???^?P?QST2?cQST3
QST3????????Y??
QST2?????????Y??
??????????^?@??N????
???^QST3????o??????^?ɑB?Y??
?@??????TS????]?в??

???h??????????TS
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9楼2008-10-07 22:18:40
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