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faile18

金虫 (小有名气)

[求助] 染色体步移已有1人参与

目前在利用takara的genome walking试剂盒克隆玉米中一段启动子序列,第一次利用AP1-4的时候均得到了1.3kb的产物,设计特异引物克隆这一段,已经测序得到这一段序列。在此基础上进行第二次walking,第三轮的GSP设计在距离第一次1.3kb 5‘端140bp的位置,这次AP1,3,4得到的产物相似,AP2得到产物略小约900bp,然后设计一对引物可以检测出上面提到的140bp进行初筛,结果只有AP2中所有克隆都含有这一段,克隆、测序、BLAST比对,900bp可以比对到染色体上相应位置,并且与第一次的1.3kb可以重合。拼接后得到约2.0kb的区段,只需要对1.7kb的区段进行研究,设计引物扩增,在玉米B73中克隆到目的条带,但是未知材料里没有任何产物。请教一下各位,这是什么情况?明明两轮WALKING得到的产物可以拼接上而且在未知材料中得到的1.7kb也可以比对到染色体上相应位置,但是扩增不出来,其中的1.3kb已经得到证实,PCR体系及条件没有问题,求解。
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反应链

新虫 (正式写手)

2楼2016-01-22 11:29:53
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