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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xiong54wei

木虫 (正式写手)

[交流] 求助:VASP进行分子动力学模拟后的对关联函数用什么办法能可视化?

求助:VASP进行分子动力学模拟后的对关联函数用什么办法能可视化或者如何作图?以下是我用MD模拟后PCDAT文件的结果
[...@node11 l-Nb]$ less PCDAT
   1  16   1   0  0.1977032E+02  0.2850000E+04
  CAR
MD in NTV ensemble                     
   0   0   0
   1  10
256 256 256
256
  0.1000000E-09
  0.6250000E-11
300
  0.1500000E-14  0.6813620E-09  0.6813620E-09  0.6813620E-09
  0.2838230E+04  0.2838231E+04
  0.000
  0.000
  0.000
  0.000
  0.000
........
1.542
  1.825
  1.558
  1.223
  0.846
.......
不明白这些数字是什么意思?
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到了金虫,再升一级就难了。。。
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

VMD 好像只能 算gr
另外请问那个 RMSD是啥意思和MSD有啥区别没有?
7楼2009-04-10 19:31:45
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limaojlu

金虫 (正式写手)

★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 4-9 19:41
你先前有个设置设定了 对关联考虑的长度,默认是16A,如果你设定是10的话,那你再将256个对关联的取值点,等距离对应,也就是每个点间隔10/256,这样得到距离R的数值。我是这样处理的,不知道对不对啊。
2楼2009-04-09 17:48:56
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-11 00:58
一般都是自己编程处理
3楼2009-04-09 19:53:24
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spur

金虫 (正式写手)

从来没处理过PCDAT,这个是干啥的?
4楼2009-04-09 21:38:06
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