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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助:VASP进行分子动力学模拟后的对关联函数用什么办法能可视化?
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xiong54wei

木虫 (正式写手)

[交流] 求助:VASP进行分子动力学模拟后的对关联函数用什么办法能可视化?

求助:VASP进行分子动力学模拟后的对关联函数用什么办法能可视化或者如何作图?以下是我用MD模拟后PCDAT文件的结果
[...@node11 l-Nb]$ less PCDAT
   1  16   1   0  0.1977032E+02  0.2850000E+04
  CAR
MD in NTV ensemble                     
   0   0   0
   1  10
256 256 256
256
  0.1000000E-09
  0.6250000E-11
300
  0.1500000E-14  0.6813620E-09  0.6813620E-09  0.6813620E-09
  0.2838230E+04  0.2838231E+04
  0.000
  0.000
  0.000
  0.000
  0.000
........
1.542
  1.825
  1.558
  1.223
  0.846
.......
不明白这些数字是什么意思?
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到了金虫，再升一级就难了。。。
1楼 2008-10-04 22:01:09
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limaojlu

金虫 (正式写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 4-9 19:41
你先前有个设置设定了 对关联考虑的长度，默认是16A，如果你设定是10的话，那你再将256个对关联的取值点，等距离对应，也就是每个点间隔10/256，这样得到距离R的数值。我是这样处理的，不知道对不对啊。
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2楼2009-04-09 17:48:56
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-11 00:58
一般都是自己编程处理
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3楼2009-04-09 19:53:24
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spur

金虫 (正式写手)
从来没处理过PCDAT，这个是干啥的？
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4楼2009-04-09 21:38:06
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):xiexie 4-11 00:58
引用回帖:
Originally posted by spur at 2009-4-9 21:38:
从来没处理过PCDAT，这个是干啥的？

就是对关联函数，一般都是做MD的弄它  
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5楼2009-04-09 21:40:07
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-11 00:59
vmd 有强大的数据分析功能和兼容多种md 软件的输入输出格式，你可以试一下。
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6楼2009-04-09 21:41:58
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
VMD 好像只能 算gr
另外请问那个 RMSD是啥意思和MSD有啥区别没有？
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7楼2009-04-10 19:31:45
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
spur(金币+3,VIP+0): 3Q！！谢谢帮助！欢迎常来！ 4-11 09:32
你小看vmd 了。
vmd 提供了一个tcl 语言的接口，可以通过简单的tcl编程的方式对vmd进行无限扩展。现在vmd里有很强大的分析工具，有作者们写的，有世界各地vmd 的高手写完分享出来的，还可以自己编写。格式上它兼容多种分子动力学软件，是namd,gmx,amber,lammps,x-plor等多种软件最理想的分析工具。

另外，RMSD和MSD没有半点关系。
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8楼2009-04-11 09:30:50
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
顶 学习了
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9楼2009-04-11 19:58:15
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