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hhzxxt

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建系统发育树时遇到的问题 已有2人参与

最近对得到的18个16S rDNA序列(F1-13,C2,5,6,7,10)在blast进行比对,然后选取相似度较高的序列,并下载其fasta格式的序列。然后直接用MEGA 5.10构建系统发育树。结果却让我百思不得其解:F1、F9、F13、C5、C7并没有与其相似度高的物种聚在一起,而是单独分开(如图)。请问:这是什么原因造成的呢?是选取序列时有误吗?还是在构建系统发育树的过程中有误呢?
希望大家帮帮忙,不胜感激

构建系统发育树时遇到的问题
系统发育树-小木虫求助.jpg
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)

我也遇到了同样的问题。。。不知道楼主解决了没,求助
2楼2016-01-18 19:47:27
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2016-01-18 19:47:27
我也遇到了同样的问题。。。不知道楼主解决了没,求助

并没有解决,还在等待牛人帮忙。
3楼2016-01-18 20:10:41
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:57:45
hhzxxt: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-01-19 13:15:07
是不是序列是反向互补的,一般会是这个原因

发自小木虫Android客户端
4楼2016-01-18 21:28:04
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-18 21:28:04
是不是序列是反向互补的,一般会是这个原因

这个原因我也试过了,将序列反向再blast比对之后,得到的相似菌不对啊
5楼2016-01-19 09:12:08
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-18 21:28:04
是不是序列是反向互补的,一般会是这个原因

这个是不是可以说明F9,F13,C7是新物种呢
6楼2016-01-19 10:45:53
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hhzxxt at 2016-01-19 09:12:08
这个原因我也试过了,将序列反向再blast比对之后,得到的相似菌不对啊...

我的意思是在建树的时候,序列有正有反。我在blast的时候,不论正反,blast的结果应该差不多啊?载体那部分序列去了吗?

发自小木虫Android客户端
7楼2016-01-19 11:26:43
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Mr.四娃

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
算法是不是不一样啊
8楼2016-01-19 11:26:52
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hhzxxt at 2016-01-19 10:45:53
这个是不是可以说明F9,F13,C7是新物种呢...

如果是新物种,它与你blast结果的一致率有多少?

发自小木虫Android客户端
9楼2016-01-19 11:28:54
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-19 11:28:54
如果是新物种,它与你blast结果的一致率有多少?
...

97%,99%,还有一个100%的呢。100%这个按道理一定会聚在一起吧!可是我的结果并没有聚在一起
10楼2016-01-19 12:40:18
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