应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 构建系统发育树时遇到的问题
131/2返回列表12下一页
查看: 2526  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hhzxxt

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建系统发育树时遇到的问题 已有2人参与

最近对得到的18个16S rDNA序列（F1-13，C2，5，6，7，10）在blast进行比对，然后选取相似度较高的序列，并下载其fasta格式的序列。然后直接用MEGA 5.10构建系统发育树。结果却让我百思不得其解：F1、F9、F13、C5、C7并没有与其相似度高的物种聚在一起，而是单独分开（如图）。请问：这是什么原因造成的呢？是选取序列时有误吗？还是在构建系统发育树的过程中有误呢？
希望大家帮帮忙，不胜感激

构建系统发育树时遇到的问题
系统发育树-小木虫求助.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-01-18 11:00:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)
我也遇到了同样的问题。。。不知道楼主解决了没，求助
赞一下 回复此楼
2楼2016-01-18 19:47:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2016-01-18 19:47:27
我也遇到了同样的问题。。。不知道楼主解决了没，求助

并没有解决，还在等待牛人帮忙。
赞一下 回复此楼
3楼2016-01-18 20:10:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:57:45
hhzxxt: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-01-19 13:15:07
是不是序列是反向互补的，一般会是这个原因

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-18 21:28:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-18 21:28:04
是不是序列是反向互补的，一般会是这个原因

这个原因我也试过了，将序列反向再blast比对之后，得到的相似菌不对啊
赞一下 回复此楼
5楼2016-01-19 09:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-18 21:28:04
是不是序列是反向互补的，一般会是这个原因

这个是不是可以说明F9，F13，C7是新物种呢
赞一下 回复此楼
6楼2016-01-19 10:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hhzxxt at 2016-01-19 09:12:08
这个原因我也试过了，将序列反向再blast比对之后，得到的相似菌不对啊...

我的意思是在建树的时候，序列有正有反。我在blast的时候，不论正反，blast的结果应该差不多啊？载体那部分序列去了吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-01-19 11:26:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Mr.四娃

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
算法是不是不一样啊
赞一下 回复此楼
8楼2016-01-19 11:26:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hhzxxt at 2016-01-19 10:45:53
这个是不是可以说明F9，F13，C7是新物种呢...

如果是新物种，它与你blast结果的一致率有多少？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2016-01-19 11:28:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-19 11:28:54
如果是新物种，它与你blast结果的一致率有多少？
...

97%，99%，还有一个100%的呢。100%这个按道理一定会聚在一起吧！可是我的结果并没有聚在一起
赞一下 回复此楼
10楼2016-01-19 12:40:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hhzxxt 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研调剂 +4 呼呼？~+123456 2026-03-24 4/200 2026-03-24 23:16 by barlinike
[考研] 求调剂323材料与化工 +3 1124361 2026-03-24 3/150 2026-03-24 20:24 by peike
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +3 哈哈157349 2026-03-21 3/150 2026-03-24 14:11 by zhyzzh
[考研] 291求调剂 +8 hhhhxn.. 2026-03-23 8/400 2026-03-23 23:15 by peike
[考研] 323求调剂 +6 洼小桶 2026-03-18 6/300 2026-03-23 00:29 by king123！
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 材料求调剂 +5 @taotao 2026-03-21 5/250 2026-03-21 20:55 by lbsjt
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +6 www_q 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭