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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 构建系统发育树时遇到的问题
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建系统发育树时遇到的问题 已有2人参与

最近对得到的18个16S rDNA序列（F1-13，C2，5，6，7，10）在blast进行比对，然后选取相似度较高的序列，并下载其fasta格式的序列。然后直接用MEGA 5.10构建系统发育树。结果却让我百思不得其解：F1、F9、F13、C5、C7并没有与其相似度高的物种聚在一起，而是单独分开（如图）。请问：这是什么原因造成的呢？是选取序列时有误吗？还是在构建系统发育树的过程中有误呢？
希望大家帮帮忙，不胜感激

构建系统发育树时遇到的问题
系统发育树-小木虫求助.jpg
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1楼 2016-01-18 11:00:06
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)
我也遇到了同样的问题。。。不知道楼主解决了没，求助
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2楼2016-01-18 19:47:27
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2016-01-18 19:47:27
我也遇到了同样的问题。。。不知道楼主解决了没，求助

并没有解决，还在等待牛人帮忙。
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3楼2016-01-18 20:10:41
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:57:45
hhzxxt: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-01-19 13:15:07
是不是序列是反向互补的，一般会是这个原因

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4楼2016-01-18 21:28:04
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-18 21:28:04
是不是序列是反向互补的，一般会是这个原因

这个原因我也试过了，将序列反向再blast比对之后，得到的相似菌不对啊
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5楼2016-01-19 09:12:08
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-18 21:28:04
是不是序列是反向互补的，一般会是这个原因

这个是不是可以说明F9，F13，C7是新物种呢
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6楼2016-01-19 10:45:53
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hhzxxt at 2016-01-19 09:12:08
这个原因我也试过了，将序列反向再blast比对之后，得到的相似菌不对啊...

我的意思是在建树的时候，序列有正有反。我在blast的时候，不论正反，blast的结果应该差不多啊？载体那部分序列去了吗？

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7楼2016-01-19 11:26:43
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Mr.四娃

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
算法是不是不一样啊
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8楼2016-01-19 11:26:52
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hhzxxt at 2016-01-19 10:45:53
这个是不是可以说明F9，F13，C7是新物种呢...

如果是新物种，它与你blast结果的一致率有多少？

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9楼2016-01-19 11:28:54
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hhzxxt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-01-19 11:28:54
如果是新物种，它与你blast结果的一致率有多少？
...

97%，99%，还有一个100%的呢。100%这个按道理一定会聚在一起吧！可是我的结果并没有聚在一起
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10楼2016-01-19 12:40:18
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